重构人类体细胞发生在体外

此文件包含补充讨论、补充表格图例、补充视频图例和带有图例的补充图表。

在已识别的scRNA-seq数据簇中表达的基因。

NMP和NE模块评分基因。用于计算扩展数据图3g模块得分的神经中胚层祖细胞(NMP)和神经外胚层(NE)相关基因列表。

本研究中使用的重组蛋白、小分子、试剂和耗材/设备。所使用的重组蛋白和小分子(3.1)、信号通路调节剂(3.2)、试剂(3.3)和耗材/设备(3.4)清单。

本研究中使用的抗体。免疫组化用一抗(4.1)，免疫组化用二抗(4.2)，CUT&Tag库制备用一抗(4.3)，CUT&Tag库制备用二抗(4.4)。

用于HCR的探针列表。用于基于hcr的全植入原位杂交分析人腋样样本的探针列表。

用于HybISS分析的探针序列列表。用于基于hybis的人类假体样本空间转录组分析的探针序列列表。

用于切割和标记实验的引物清单。用于基于cut&tag的人类axioid分析的已使用引物列表。

此文件包含补充图1-5的源数据。

对称破缺和轴突初始伸长。409B2(上)和201B7 Luc(下)在培养24 - 72h时的假体活体成像。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。

基质凝胶对轴样形态的影响。来自409B2(上)和201B7 Luc(下)的假体活体成像，在培养72h至120h期间，+MG(右)或不含-MG(左)嵌入到Matrigel (MG)中。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。

HES7MG包埋axioid的基因表达动态。实时成像的时空形态发生表达HES7在培养72h至120h的MG中嵌入201B7 luc衍生的axioloid。BF视频(左)和HES7:荧光素酶信号(右)。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。

视黄醇信号通路对轴突生长和形态的影响。来自409B2(上面板)和201B7 Luc(下面板)的轴样细胞的实时成像，在培养72 - 120小时后，仅嵌入MG(左)或添加视黄醇(ROL)、视网膜(RAL)或视黄酸(RA)的MG(右)。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。

视黄醇治疗腋突的三维重建。培养120h时，3D重建409b2衍生的axiolids，分别嵌入MG(左上)或添加视黄醇(ROL)(左下)、视网膜(RAL)(右下)或视黄酸(RA)(右上)，灰色为F-actin (Phalloidin)，蓝色为TBXT (BRA)，绿色为纤维连接蛋白(FN1)，红色为MEOX1。

RA通路抑制对轴突生长和形态的影响。201B7 Luc衍生的axiolids经+MG +RAL(从左到右)辅助DMSO、BMS493、AGN193109或ER50891培养72h至120h后的活体成像。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。

RA途径抑制剂治疗的轴突三维可视化。3D重建201B7 Luc衍生的假体，在+MG +RAL(左上)或+MG +RAL中添加三种不同的RA抑制剂，包括BMS493(右上)，AGN193109(左下)或ER50891(右下)，在培养120h时，以F-actin (Phalloidin)为灰色，TBXT (BRA)为蓝色，纤维连接蛋白(FN1)为绿色，MEOX1为红色。

轴突中线和双侧体形成。图中可见嵌入+MG +RAL的409b2衍生的axioid的中线形成，以及嵌入+MG +ROL的409b2衍生的axioid的单个双侧体形成(下)。在培养72 - 120h时进行活体成像。比例尺为200µm。

人CS9-11胚胎和轴突体的三维重建。三维重建409b2来源的MG包埋轴状体(上)处理视黄醇(左)、视网膜(中)和视黄酸(RA)形成的体块;以及在CS9(左)、CS10(中)和CS11(右)人类胚胎中发现的人类胚胎体的3D重建(下)。每一个样体结构都用不同的颜色突出显示，这取决于它在前后轴上的位置。

ROL、RAL或RA对HES7基因表达动力学。实时成像的时空形态发生表达HES7在培养72h至120h期间，只嵌入MG(左上对)或在添加视黄醇(ROL)(左下对)、视网膜(RAL)(右下对)或视黄酸(RA)(右上对)的MG中。BF视频(左)和HES7:荧光素酶信号(右)为每个条件。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。

添加BMS493对HES7基因表达动力学。实时成像的时空形态发生表达HES7在培养72h至120h期间，将201B7 luc衍生的axioid基因嵌入在MG添加+RAL+DMSO(左对)或+RAL+BMS493(右对)的MG中。BF视频(左)和HES7:荧光素酶信号(右)为每个条件。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。

NOTCH、FGF和WNT通路抑制对轴类细胞的影响。201B7 Luc衍生的axiolids在培养72h - 120h后，嵌入+MG +RAL补充DMSO(左上)、DAPT(右上)、PD173074(左中)、PD0325901(右中)、XAV939(左下)或IWP2(右下)后的活体成像。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。

的影响HES7KO基因对轴突生长和形态的影响。上面板，来自201B7 Luc(左上)的+MG +RAL中嵌入的轴突的实时成像，HES7KO1(上中)和他7个KO2细胞株(右上)。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。底部面板，三维重建的axioid嵌入+MG +RAL派生HES7KO1(中)和HES7KO2(下)用F-actin (Phalloidin)染色为灰色，TBXT (BRA)染色为蓝色，纤维连接蛋白(FN1)染色为绿色，MEOX1染色为红色。

的影响HES7基因KOHES7基因表达动力学。实时成像的时空表达HES7Luc，(上一对)HES7KO1(中间对)和HES7KO2(下对)衍生的轴形嵌入+MG +RAL。BF视频(左)和HES7:荧光素酶信号(右)为每个条件。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。

的影响HES7点突变(rs113994160: c.73C>T;HES7^R25W)的生长和形态。上面板，来自201B7 Luc(左上)的+MG +RAL中嵌入的轴突的实时成像，HES7^R25WMT1(上中)和HES7^R25WMT2细胞株(右上)。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。底部面板，三维重建的axioid嵌入+MG +RAL派生HES7^R25WMT1(中)和HES7^R25WMT2(下)用F-actin (Phalloidin)染色为灰色，TBXT (BRA)染色为蓝色，纤维连接蛋白(FN1)染色为绿色，MEOX1染色为红色。

的影响HES7点突变(rs113994160: c.73C>T;HES7^R25W)HES7基因表达动力学。实时成像的时空表达HES7Luc，(上一对)HES7^R25WMT1(中间对)和HES7^R25WMT2(下对)衍生的axioloids。BF视频(左)和HES7:荧光素酶信号(右)为每个条件。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。

的影响MESP2KO基因对轴突生长和形态的影响。上面板，来自201B7 Luc(左上)的+MG +RAL中嵌入的轴突的实时成像，MESP2KO1(上中)和MESP2KO2细胞株(右上)。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。底部面板，三维重建的axioid嵌入+MG +RAL派生MESP2KO1(中)和MESP2KO2(下)用F-actin (Phalloidin)染色为灰色，TBXT (BRA)染色为蓝色，纤维连接蛋白(FN1)染色为绿色，MEOX1染色为红色。

的影响MESP2基因KOHES7基因表达动力学。实时成像的时空表达HES7基因在201B7 Luc(上一对)，MESP2KO1(中间对)和MESP2KO2(下对)衍生的轴形嵌入+MG +RAL。BF视频(左)和HES7:荧光素酶信号(右)为每个条件。所显示的数据至少代表了三个独立的实验。比例尺为200µm。