生物信息学专家I - Eichler实验室

我们目前正在寻找一名高技能人才生物信息学专业的我全职在…实验室工作埃文博士为华盛顿大学医学院。埃希勒实验室对疾病和基因复制的进化影响以及其他人类基因变异的复杂形式感兴趣。具体来说，他们应用先进的基因组测序方法来了解片段复制是如何产生新基因和与神经发育迟缓(包括自闭症)相关的周期性重排的。更多信息可以在实验室中找到网站．

生物信息学专家I将与研究者、博士后和学生合作开发、实施和执行计算方法和工具，使用下一代Illumina和长读技术来评估近期片段复制和结构变异的组织。

这一角色将专注于发现与神经认知疾病(包括自闭症)相关的遗传变异，并将作为测序联盟的一部分，开发更高质量的基因组测序和组装方法。成功的候选人将独立执行科学调查程序，应用专业判断，解释实验结果，指导实验室成员通过生物信息学方法和分析，并准备研究报告以供发表或发表。

对该职位的考虑，请直接通过申请网站申请而且不要直接联系实验室。请务必附上求职信。

责任

• 开发和维护算法和计算工具，利用基因组测序项目生成的数据检测复制、拷贝数变异和单核苷酸多态性。（40%）

• 创建工具，使用大规模并行计算基础设施(2500+ cpu)创建、管理和分析下一代测序数据集。(20%)

• 开发程序和/或脚本，包括图形可视化软件，以促进基因组、遗传和表达数据库的大规模数据挖掘。(15%)

• 与博士后和博士研究人员合作，独立完成研究者指定的研究项目。后者将包括编写将列入出版物的摘要和报告。(15%)

• 将分析数据集成到现有的基因组浏览器中。（10%）

领导职责(如适用)

• 与部门IT人员协作，监督和管理大规模并行计算基础设施，包括2500多个cpu、3+ PB的共享存储、独立的web和数据库服务器。

• 共享软件和引用资源的部署和管理。

• 根据需要指导初级程序员分析人员和计算机学生的工作。

资格

教育

• 生物信息学、计算机科学或相关专业本科以上学历。硕士学位优先。

经验

• 至少2-3年生物信息学和/或计算生物学相关研究经验。

• 需有基因组学研究经验，包括至少3年生物信息学研究中计算方法和工具开发经验。

• 深入了解数据结构、算法设计和软件实现

  • 需要有PacBio, Oxford Nanopore, 10X或Strand-seq技术经验，但不要求

• 具有两种或两种以上编程语言(Python, R, Java, C/ c++， Perl等)的丰富经验;使用Python及其科学库(NumPy, SciPy, Pandas, Snakemake)的经验。

• 了解常见的生物信息学文件格式(FASTQ，山姆/BAM，VCF，床上）.

知识、技能和能力

• 熟练的数据和系统集成技能。

• 熟练使用现有的生物信息学软件工具(例如，BWA，GATK，爆炸，CLUSTALW，大型)，特别是全基因组霰弹枪序列数据分析的数据挖掘。

• 熟悉Linux/Unix操作系统，熟悉在命令行环境中工作。

• 能够进行独立分析，并向国内和国际合作小组报告结果。

• 技术熟练，协作能力强，独立思考能力强。

• 开发创新流程以实现目标的能力。审查工作活动，以确定哪些新信息可以改进流程或推动项目向前发展。

• 能够作为多学科团队的一员独立工作。

• 较强的组织能力和对细节的特别关注。

• 较强的多任务处理和项目管理能力。

• 能够灵活有效地适应工作重点的变化。