癌症动力学实验室博士后研究员

职位薪酬:

38,300英镑起，视技能和经验而定

报告:

Samra Turajlic©

职位描述:

这是一份全职固定期限合同(4年)

总结

这是一个令人兴奋的机会，成为开创性的生物医学研究所的一员，致力于创新和科学，在Samra Turajlic的实验室(癌症动力学，https://www.crick.ac.uk/research/labs/samra-turajlic)．我们正在寻找一名高度协作和自我激励的博士后生物信息学家，在我们的综合肿瘤进化计划中工作，与弗朗西斯·克里克研究所的小组网络合作，伦敦大学学院癌症研究所，癌症研究所，以及国际上，包括国家卫生研究院(美国)和制药公司。该职位将涉及分析大规模肿瘤进化试验的数据，如TRACERx和和平研究和介入临床试验，如ADAPTeR和A-预测以及英国基因组公司的100KG数据集。我们的研究为肿瘤进化领域的大量成功贡献奠定了基础，并取得了高影响力输出的优秀记录。该项目位于基础研究和转化研究的接口，将利用本地和国际上运行的大规模试验以及临床前模型生成的丰富的多组学数据集(批量和单细胞)。我们的重点是肾细胞癌和黑色素瘤，然而，一些生物信息学项目也在泛癌症环境中进行，而其他项目则专注于生物标志物的临床应用。该职位非常适合在领先的学术环境中对癌症基因组学、癌症进化、进化生物学和生物信息学有浓厚兴趣的有创造力的个人。

成功的申请人将在癌症生物信息学方面有良好的记录，并有以前的工作经验总会在数据分析，精通以下至少一种编程语言:Python或R，在基因组学和癌症生物学和/或进化方面有很强的技能。具有基于集成大型数据集的数据分析经验者优先。该职位将基于一个由癌症进化生物学家、湿实验室科学家和翻译研究临床医生组成的多学科团队，关注基本的进化原理和进化规则在临床中的应用。我们与专门研究机器学习和数学建模的同事密切合作。此外，该实验室还非常注重了解抗肿瘤免疫反应，并通过湿实验室和干实验室工作来解决这一问题。申请人将有机会在国内和国际上开展合作，并有机会与我们的行业和学术合作伙伴接触。候选人将与弗朗西斯克里克研究所的其他计算科学家密切合作，并有充分的机会发展他们的技能。一个全面的计算基础设施是可用的，可以访问多个HPC集群。

项目范围

该项目涉及四个项目:TRACERx Renal (http://tracerx.co.uk/studies/renal/)，国家卫生研究院（https://grantome.com/grant/国家卫生研究院/ U01-CA247439-01）霍尔斯特- f (https://www.annalsofoncology.org/article/s0923 - 7534(19) 60107 - 9 /全文),和平（https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT03004755肾癌和黑色素瘤)。这项研究是与皇家马斯登、盖伊和圣托马斯以及皇家自由学院密切合作进行的国民健康保险制度基金会信托和几个国际合作者，包括美国国家卫生研究所。该候选人将专注于在遗传背景下破译癌症进化VHL突变——在体内检验进化偶然性原则的难得机会;以及在散发性肾癌的背景下，作为我们关于TRACERx肾脏研究的中期报告(Turajlic et al。细胞2018方式)。分析将涉及正常和癌症组织的单细胞和整体水平DNA＆核糖核酸;组织转录组学方法将有进一步的发展空间。

Samra Turajlic博士是一名临床科学家，在肾细胞癌和黑色素瘤的临床实践中，该计划反映了通过结合前沿方法解决的新出现的临床问题。该实验室的总体目标是产生基本的生物学见解，破译选择的影响以及肿瘤微环境、免疫系统和癌症治疗对克隆进化的影响;并应用这些知识来改善病人的结果。成功的申请人将受雇于弗朗西斯·克里克研究所，并在图拉里奇博士的团队工作，由英国癌症研究中心资助，国家卫生研究院黑素瘤研究联盟、玫瑰树基金会和NIHR生物医学研究中心等。弗朗西斯克里克研究所提供了一个令人印象深刻的计算基础设施和额外的资源，可通过CRUK伦敦城市中心和eMedLab，并有充足的个人发展机会。

有关实验室工作的资料，可透过以下连结查阅:

https://www.crick.ac.uk/research/labs/samra-turajlic

https://scholar.google.co.uk/citations?view_op=new_articles&hl=en&imq=samra+turajlic#

https://orcid.org/0000-0001-8846-136X

如需进一步详情，请与我们联系samra.turajlic@crick.ac.uk

主要职责

该职位持有人的主要职责是进行生物信息学发现分析，进入转移和肿瘤进展的进化驱动因素，免疫逃逸和治疗耐药性。该项目将利用来自几个癌症进化试验的被认为是世界上最大的基因组/转录组数据集之一。测序数据由丰富的支持数据类型补充，包括组织学、成像数据、临床和放射组学数据。

在Turajlic实验室的生物信息学团队中工作，在弗朗西斯克里克研究所和其他合作小组中工作，包括学术和行业合作伙伴。
利用已建立的管道对基因组和转录组数据进行分析。
分析多区域测序数据，识别体细胞突变，拷贝数畸变和重建系统发育树。
采用新的信息学方法应用于无细胞和单细胞数据，包括原位转录组学。
联络和协调项目合作者，包括临床医生，癌症生物学家，机器学习专家和数学建模人员。
以准确，及时和清晰的方式记录所有的分析，并在需要时使用它来准备数据摘要和报告。
充分了解肿瘤进化和相关文献(癌症生物学，癌症基因组学)，提出新的想法。
通过生物学见解，将其与临床前模型和临床研究相结合，并产生新的假设，推动项目向前发展
参加定期小组会议，并报告研究成果。
通过撰写论文发表和在国家和国际会议上以口头和海报形式发表，为科学成果的传播做出贡献。
为Turajlic实验室更广泛的研究计划在知识和实践上做出贡献
必要时支持下级同事
与岗位范围和职等相适应的其他职责。职位描述可能会因应工作职责的变化/发展，与职位持有人协商后检讨及修订

主要经验和能力

生物信息学或相关学科博士学位
有癌症基因组学研究经验者优先
熟练使用shell脚本和以下至少一种编程语言:R或Python
优秀的计算能力
了解数学和统计学
对研究独立和原创贡献的证据
能够管理项目，制定时间表，分析，提出和撰写结论
出色的演讲技巧——包括在国际会议上
能够在会议和会议上代表PI
优秀的人际交往能力和团队合作精神
能够在最低限度的监督下工作，主动组织和安排自己的工作
定义和解决研究问题的能力
积极创新和解决问题
在进化生物学/癌症进化领域有经验者优先
有单细胞测序和成像分析经验者优先
有Nextflow或类似管道管理框架经验者优先
有机器学习经验者优先
有多学科工作经验者优先

平等、多样性和包容

我们欢迎各种背景的申请。我们致力于提供平等的就业机会，不论种族、国籍、性别、性取向、性别认同、宗教、怀孕、年龄、残疾或民事伴侣关系、婚姻或家庭状况。我们特别欢迎来自少数民族的人的申请，因为他们目前在克里克这个级别的代表不足。

多样性是科学成就卓越的必要条件。它增加了广度和视角，导致更多的创新和创造力。我们希望克里克成为一个地方，每个人都感到重视，多样性是庆祝，并被视为我们研究所成功的基础的一部分。

克里克学院致力于创造机会平等，促进多样性和包容性。我们都有责任积极促进尊严、尊重、包容和平等待遇，我们的目标是确保这些原则在所有战略、政策和实践中得到反映和落实。

癌症动力学实验室博士后研修生

弗朗西斯克里克研究所

英国伦敦