职位薪酬:
38,300英镑起，视技能和经验而定
职位描述:
合同
固定期限，4年，有可能延长到5年。
我们正在寻找计算生物学家/生物信息学家，开发机器学习方法来解释摄动测序和scRNAseq实验中的宿主-病原体相互作用。
我们试图解决地球上最成功的寄生虫，刚地弓形虫，破坏宿主细胞，建立有利的免疫反应。弓形虫它的特殊之处在于它是一个真正的多面手，几乎可以感染任何温血动物的任何有核细胞，包括人类。为了改变宿主的免疫反应，它在宿主细胞中分泌约200个效应蛋白，其中一些直接改变宿主细胞的转录谱，改变宿主细胞的行为。这200多个效应子中的哪一个在哪种细胞类型和物种中起作用，以及这如何导致整体免疫反应的变化，然而，只有少数效应子，其中一些相互拮抗。由于存在不同毒力的寄生虫菌株，它们之间效应子和snp的差异表达导致不同的疾病结果，情况变得更加复杂。全面阐明效应器的功能和机制需要一个集成的系统范围监测和机器学习方法。
我们现在开发了一种结合弓形虫CRISPR屏幕(PMID: 31481656)与宿主单细胞核糖核酸测序方法鉴定转录调控因子弓形虫以及它们对宿主细胞的影响(未发表)。我们将应用这种方法来识别在不同宿主和细胞类型中毒性不同的寄生虫菌株的转录调节因子和宿主细胞转录组。
你的角色:在Manfred Claassen教授实验室的共同监督下，您将在该项目中发挥核心作用，应用和开发计算方法，在复杂的实验环境中分析微扰测序和scRNAseq数据。目的是鉴定所有的转录调控因子弓形虫该功能跨越物种，分析不同细胞和宿主的转录反应，并测量效应蛋白之间的相互依赖性。这个项目的第二个目标是了解效应器如何在细胞内发挥作用，以及它们在控制免疫反应中的作用。为此，你将分析整个感染过程中的免疫细胞群在活的有机体内使用scRNAseq和核糖核酸感染的自然细胞免疫反应和个体效应蛋白的作用的基于速度的轨迹推断。你将与3名研究人员一起工作，他们将领导这项工作的湿实验室方面，并有机会与实验室的其他成员交流。
扎实的生物信息学/统计学背景和解决高度复杂的生物问题的热情是必不可少的。有单细胞测序数据分析经验者优先。其主要作用是在新的宿主-病原体相互作用背景下开发多模型单细胞测序的分析方法，但也有机会参与湿实验室数据生成。
博士后培训研究员将领导自己的项目，在合作的基础上为其他项目做出贡献(无论是在实验室还是与外部合作者)，并指导博士生进行研究。
关于我们
该项目补充了实验室正在进行的研究，以确定寄生虫的效应蛋白，这些效应蛋白对受感染细胞内的生存至关重要。在实验室里，我们培养了一群来自不同科学背景的科学家，并使用一系列技术来回答我们的问题，包括定量蛋白质组学，CRISPR屏幕,单细胞核糖核酸Seq，免疫学，细胞生物学和生化方法。看到www.treecklab.org对于实验室和项目的概述。
图宾根大学Manfred Claassen教授实验室开发并应用机器学习方法进行复杂单细胞分析(https://claassenlab.github.io/）.
因此，我们有一个由志同道合的科学家组成的多元化团队，他们可以相互学习，以协作和有趣的方式解决问题，同时为团队内部建立独立的利基提供了巨大的空间。
的克里克拥有广泛的研究资料。由于没有部门，我们的研究小组可以自由地在广泛的领域内制定研究计划。我们是合作和外向的，反映了我们作为六个组织的伙伴关系，旨在汇集知识、想法和资源。
我们在生物医学研究的最前沿进行着最高质量的研究。我们将这种严谨与开放互动的文化相结合，将具有不同研究兴趣和专业知识的人员聚集在一起，包括来自制药合作伙伴的临床医生、物理科学家和应用科学家。
我们的目标是吸引最有才华的研究人员，并支持他们解决创新的研究问题，在实验室之间共享资源。我们的科学技术平台为我们的研究人员提供了最先进的技术和专业知识。我们提供良好的学习环境，在科学推广、教育和个人发展方面提供专门的教育计划，以及博士后培训计划，为科学家在学术界和工业界担任领导角色做好准备。
- 如果你有兴趣申请这个职位，请通过我们的网站．
- 一封说明你的研究技能和兴趣如何与这个项目的目标一致的求职信是绝对必要的。
- 没有截止日期:职位将在确定合适的候选人后填补。
- 我们鼓励有兴趣的候选人询问该职位是否仍然空缺。
- 所有的就业机会都必须通过安全审查，并持续获得在英国工作的资格。
- 非正式的要求可以向moritz.treeck@crick.ac.uk
基本资格、经验和能力
- 相关领域博士学位或博士论文提交的最后阶段，具有转录组学数据分析经验，最好是scRNAseq。
- 编码技术专长(R!Python)
- 有发表论文或在相关期刊上投稿的记录。据了解，COVID导致稿件提交中断。
- 能够独立工作，并能在团队中进行互动
平等、多样性和包容
我们欢迎各种背景的申请。我们致力于提供平等的就业机会，不论种族、国籍、性别、性取向、性别认同、宗教、怀孕、年龄、残疾或民事伴侣关系、婚姻或家庭状况。我们特别欢迎来自少数民族的人的申请，因为他们目前在克里克这个级别的代表不足。
多样性是科学成就卓越的必要条件。它增加了广度和视角，导致更多的创新和创造力。我们希望克里克成为一个地方，每个人都感到重视，多样性是庆祝，并被视为我们研究所成功的基础的一部分。
克里克学院致力于创造机会平等，促进多样性和包容性。我们都有责任积极促进尊严、尊重、包容和平等待遇，我们的目标是确保这些原则在所有战略、政策和实践中得到反映和落实。
更多信息请访问我们的网站:https://www.crick.ac.uk/careers-and-study/life-at-the-crick/equality-diversity-and-inclusion