10万个冠状病毒基因组揭示了非洲COVID的进化

新的SARS-CoV-2变种以非常隐蔽的方式出现和传播，但这并没有停止非洲的基因组侦探从发现一系列这样的威胁——并提醒世界其他地方。现在，一项分析详细说明了非洲测序能力的快速增长如何帮助了全球对SARS-CoV-2的监测¹．报告还显示，大多数变种被进口到非洲的频率高于从非洲大陆出口的频率。

这项研究发表在科学他说，这表明“非洲科学家可以合作产生高水平的科学”杜立欧de Oliveira他是南非斯泰伦博斯大学的生物信息学家。“在此之前，非洲科学家与北方伙伴合作产生这种水平的科学成果几乎是一种常态。”

本土人才

2020年3月，在大流行初期，在非洲联盟承认的55个国家中，只有不到15个国家拥有必要的基因组测序基础设施。现在有39个国家拥有自己的测序设备。一开始，非洲的一小群研究人员在网上开会，现在已经发展成为一个有来自非洲大陆内外的400多名科学家和公共卫生官员参与的联盟，共同追踪SARS-CoV-2变种的传播，并监测变种基因组的变化。

随着该联盟的壮大，来自非洲的基因组测序数量也在增加。到2021年年中，小组成员已经对非洲大陆收集的1万多个SARS-CoV-2基因组进行了测序²．到今年3月，这一数字已达到10万。

这组作者指出，这是非洲基因组监测的一个重要里程碑。相比之下，来自非洲的艾滋病毒基因组只有大约3700个被测序并公开分享，尽管这种病毒已经传播了几十年。

这些科学家通过污水追踪到了一间办公室的新冠病毒谱系

“这篇论文令人难以置信，”路易斯安那州立大学卫生什里夫波特分校的病毒学家Jeremy Kamil说。“世界需要看到更多这样的合作。”

来自52个非洲国家的基因组已经被存入GISAID是世界上最大的SARS-CoV-2序列数字数据库．一些基因组在采样的国家测序，一些在其他非洲国家测序，另一些在非洲以外的实验室测序。

研究人员发现，国内测序具有明显的速度优势。对当地测序的基因组来说，从从受感染个体收集标本到向GISAID添加完整序列的中间周期为51天。发送到其他非洲国家的样品周转的中位数为90天，发送到世界其他地方设施的样品周转的中位数为113天(见“主场优势”)。

Kamil说，这些发现“立刻引起了我的注意”。他说，在抗击病毒方面，速度至关重要。Kamil补充说，如果像Omicron这样的变异在被发现之前被允许传播两到三周，那么世界上已经很慢的疫苗更新系统将没有更少的时间来追赶。

收集的10万个SARS-CoV-2基因组使德奥利韦拉和他的同事能够绘制出变种被引入非洲的时间和地点，以及它们是如何传播的。例如，Omicron变种于2021年11月首次在南非被检测到．这组科学家发现，尽管Omicron亚变种BA.1从非洲至少出口了55次——主要是出口到欧洲和北美——但它至少从欧洲进口了69次，从北美进口了102次(见“病毒在路上”)。Stellenbosch大学的生物信息学家、该研究的合著者Eduan Wilkinson说，这些进口事件将这种变异带到非洲南部地区以外的非洲国家。

总体而言，该团队的分析表明，大多数SARS-CoV-2变体更经常地从世界其他地区传入非洲，而不是从其他地方传入非洲。de Oliveira说:“具有讽刺意味的是，非洲因为发现变种而受到了几次惩罚。”“但绝大多数变种，包括大部分引入的Omicron，都不是来自非洲。”

De Oliveira和他的同事们计划调整现有的测序基础设施，以监测在非洲引起关注的其他传染性病毒和细菌，如结核杆菌、艾滋病毒、拉沙病毒和埃博拉病毒。“我们有很多病原体要处理，”德奥利维拉说。