报告标准和数据、材料、代码和协议的可用性

An inherent principle of publication is that others should be able to replicate and build upon the authors' published claims.A condition of publication in a Nature Portfolio journal is that作者必须及时向读者提供材料、数据、代码和相关协议，而不受不适当的限制。任何对材料或信息可用性的限制必须在提交时向编辑披露。任何限制也必须在提交的手稿中披露。

After publication, readers who encounter refusal by the authors to comply with these policies should contact the chief editor of the journal.In cases where editors are unable to resolve a complaint, the journal may refer the matter to the authors' funding institution and/or publish a formal statement of correction, attached online to the publication, stating that readers have been unable to obtain necessary materials to replicate the findings.

在本页

报告要求

Nature Portfolio期刊旨在提高所有科学领域的报告透明度和发表结果的可重复性。在同行评审之前，通讯作者必须完成一份编辑政策清单确保符合Nature Portfolio的编辑政策;在相关的情况下，送审的稿件必须包括完整的报告摘要文件

Reporting requirements for research in the life sciences, behavioural & social sciences and ecology, evolution & environmental sciences

生命科学、行为与社会科学、生态学、进化与环境科学的研究文章的作者被要求提供有关实验和分析设计元素的细节，这些元素在学术论文中经常被报道得很差报告总结这将提供给编辑和审稿人在手稿评估。报告摘要将与所有已接受的手稿一起出版。

物理科学研究报告要求

对于物理科学，我们要求某些特定领域的研究文章的作者在报告摘要中提供特征描述或实验和分析设计的细节，该报告摘要将在手稿评估期间提供给编辑和审稿人，并与被接受的手稿一起发表:

参考副本

请注意:由于在这些表单中使用了高级功能，所以必须使用Adobe Reader打开文件并填写。如果您想快速查看表格或在完成模板时引用指导文本，请访问平面参考副本:

我们支持社区努力提高方法报告的透明度和质量。因此，我们已经使这些模板可用于重用和改编，属性在CC-BY许可证．

有与使用和报告统计数据有关的指导和资源在这里．

报告和材料的可用性要求的地质，考古，和古生物研究

地质样品、考古材料和古生物标本的详细资料应包括明确的来源信息，以确保研究方法的充分透明。应始终以负责任的方式并按照相关许可证和当地法律收集和出口样品。任何详细介绍来自受保护地点的新材料的提交都应包括有关获得必要许可的信息。古生物学和模式标本应存放在认可的博物馆或收藏中，以允许其他研究人员永久免费使用。在适用的情况下，应提供博物馆存放的登录代码，我们鼓励将化石标本的3d扫描保存在永久的、可访问的存储库中，以方便科学界的研究。

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数据的可用性

数据可用性:所有发表在《自然》期刊上的原始研究报告必须包含数据可用性声明．数据可用性声明必须使读者对解释、验证和扩展文章中的研究所必需的“最小数据集”的访问条件透明。这个最小数据集可以通过存储在公共社区/特定于学科的存储库、特定类型数据集的自定义专有存储库或像Figshare、Zenodo和Dryad这样的通用存储库中来提供。强烈不鼓励在补充信息中提供大型数据集，首选的方法是在存储库中提供数据。科学数据《自然投资组合》杂志的一份清单批准和推荐的数据存储库支持研究人员为其数据寻找合适的存储库。详情请参阅我们的作者的政策有关作者在出版时保存和提供数据、代码和材料的责任的信息。作者负责获得所有必要的权限，并确保数据共享符合当地监管要求。

某些类型的数据必须强制存放;请参阅下表中推荐的存储库。在投稿时，为了评估稿件的目的，必须向编辑和同行审稿人提供支持数据。任何关于分享的限制必须在提交时与编辑讨论，如果这些条件被发现过于禁止，编辑保留拒绝研究的权利。

Nature Portfolio期刊的数据可用性政策与标准化的数据可用性政策兼容研究数据政策由大自然设定。需要帮助了解我们的数据共享政策、寻找合适的数据存储库或组织和共享研究数据的作者可以访问我们的作者支持门户获取额外的指导。

数据可用性声明应包括以下方面的相关信息:

  • 必须提供有关访问主数据集(在研究期间生成)和参考数据集(在研究中分析的数据集)的信息。如果数据是公开的，则必须提供登录码或其他相关的唯一标识符。
  • 临床试验数据:报告临床试验数据的手稿的数据可用性声明应遵循ICMJE建议中规定的标准临床试验数据共享并提供以下资料:
    • 是否将共享单个去标识的参与者数据(包括数据字典)(“未确定”不是一个可接受的答案);
    • 具体将共享哪些数据;
    • whether additional, related documents will be available (e.g., study protocol, statistical analysis plan, etc.);
    • 何时可以获得这些数据以及可以获得多长时间;
    • 根据什么访问标准共享数据(包括与谁共享，用于什么类型的分析，以及通过什么机制)。
  • 数据的可用性受访问控制:资料可得性声明应包括以下资料:受管制查阅资料的原因(例如，privacy, ethical/legal issues), conditions of access must be described precisely including contact details for access requests, timeframe for response to requests, restrictions imposed on data use via data use agreements. A copy or link to the data use agreement should be provided if requested by editors. Restrictions on controlled access datasets including restrictions on downstream data reuse or authorship requirements must be clearly described in manuscript and to editors at the time of submission. Editors may decline further consideration of the manuscript after evaluation if restrictions are found to be unduly prohibitive.
  • Third party data:当无法提供从第三方获得的数据时，应在数据可得性声明中清楚说明限制。如果审稿人提出要求，作者必须在数据使用协议的条款范围内，并在符合道德和法律要求的情况下，为同行评审提供数据。

·专有数据:作者有责任确保并获得第三方数据提供商的协议，即研究中使用的数据集将在数据可用性声明中规定的条件下可用(包括数据集是否需要付费)，以确保发表后可用于复制和验证。此目的的可用性必须在数据可用性声明中明确说明。

·行政数据(包括政府、地方当局和国际组织持有的数据):使用行政数据的社会科学和其他研究必须确保数据的使用符合管理数据使用的当地监管和法律框架。

·第三方供应商的身份:第三方数据提供者的身份必须在提交和同行评审时告知编辑。我们期望数据可用性声明将说明第三方数据源的身份;如果数据提供者的身份与研究无关，并且/或公开发布对数据提供者的声誉或商业风险，则可以例外。参见已出版的示例在这里而且在这里．

研究人员应在手稿中提供关于其数据收集方法的信息，以支持同行评审。如果数据处理步骤是由第三方执行的，超出了作者的控制，这应该在方法中明确说明。编辑保留拒绝考虑的权利，如果一个手稿未能提供足够的信息，关于数据收集方法。

数据引用:已存入存储库的数据集应作为正式引用包括在文章参考列表中。这包括研究期间生成的数据集以及研究期间分析的现有数据集。数据集的引用应包括DataCite推荐的最少信息，并遵循Nature Portfolio风格，包括:作者、标题、出版商(存储库名称)和标识符。

包括doi在内的数据集标识符应该表示为完整的url。例如:Hao, Z.， AghaKouchak, A.， Nakhjiri, N. & Farahmand, A.全球干旱综合监测和预测系统(GIDMaPS)数据集。figsharehttp://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.853801 (2014)

有关编写数据可用性声明和数据引用的更多信息，可通过施普林格自然研究数据政策页面．

针对特定数据集的授权

对于以下类型的数据集，必须提交到社区认可的公共存储库。文件中必须提供加入编号。下面列出了适当的公共存储库的示例在这里．

强制性的沉积 合适的存储库
蛋白质序列 Uniprot
DNA和RNA序列 基因库
日本DNA数据库(DDBJ)
EMBL核苷酸序列数据库(ENA)
DNA和RNA测序数据 NCBI跟踪档案
序列读存档(SRA)
遗传多态性 dbSNP
dbVar
欧洲变异档案(EVA)
链接的基因型和表型数据 dbGAP
欧洲基因组表型档案(EGA)
大分子结构 全球蛋白质数据库(wwPDB)
生物磁共振数据库(BMRB)
电子显微镜数据库(EMDB)
基因表达数据(必须符合MIAME标准) 基因表达综合(GEO)
ArrayExpress
小分子的晶体学数据 剑桥结构数据库
蛋白质组学数据 骄傲
*地球、空间与环境科学 推荐的存储库

*从2019年1月起，在社区存储库可用的地方，我们将要求通过这些存储库共享发表在《自然》、《自然地球科学》和《地球与环境通讯》上的地球、空间和环境科学论文的数据。如果没有这样的存储库，数据集可以托管在一般的数据存储库中，如Figshare、Dryad或Zenodo。看到我们的编辑欲知详情。

特殊注意事项

DNA和蛋白质序列:当发表参考基因组时，除了序列读取外，还必须提供该集。即使是新序列信息，如表位、功能域、遗传标记或单倍型，也必须保存序列。短篇小说序列必须包含周围的序列信息，以提供上下文。必须提供对论文结论至关重要的所有小RNA探针的序列。

人类受试者的相关表型和基因型数据:应该提交到具有适当访问控制的公共存储库(参见上面)。Any restrictions on data access for sensitive data (for example electronic medical records, forensic data, and personal data from vulnerable populations) require an explanation of the nature of and reasons for the restrictions, and details of the conditions under which the data can be accessed or reused.(See the related自然遗传学编辑讨论隐私问题。)

大分子结构:官方验证报告来自wwPDB都需要同行评议。应要求，必须提供原子坐标和相关实验数据(晶体结构的结构因子振幅/强度，或核磁共振结构的约束)。电子显微镜得到的密度图和坐标数据必须存入EMDB中。存储库中的可访问性必须指定为“在发布时立即发布”。

小分子晶体学数据:结晶学分析小分子新三维结构的稿件应包括一个。cif文件和一个概率椭球的结构图，以作为补充信息发表。还应提交每种结构的结构因子。Both the structure factors and the structural output must have been checked using the IUCR CheckCIF routine, and a PDF copy of the output must be included at submission, together with a justification for any alerts reported.

对其他数据集的建议

除了这些规定之外，共享任何数据集的首选方式是通过公共存储库。《科学数据》是《自然》杂志的姊妹刊物批准和推荐的数据存储库列表organized by discipline.请参考此列表为您的数据集确定合适的存储库。

当特定数据类型的存储库不存在时，作者可以通过存储和共享数据figshare或德律阿得斯，两个通用科学数据存储库。

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材料的可获得性

在《自然》杂志上发表文章的一个条件是，作者必须在没有不正当资格的情况下，立即将独特的材料提供给他人。要求合理付款以支付分销成本是可以接受的，试剂可以通过商业或非商业第三方供应商提供。对材料供应的任何限制，包括材料是否由营利性公司分发，必须在文件中明确说明。按我们关于作者责任的政策，除非另有说明，否则期望通讯作者(或相关指定作者)对材料的可用性负责。

Nature Portfolio支持资源识别计划，旨在促进对关键生物资源(包括抗体、细胞系、模式生物和工具)的独特、持久的识别和跟踪。方法提供的唯一标识符资源识别门户(RRIDs;例如，Antibody:RRID: AB_2140114;生物:RRID: MGI_MGI: 3840442)，在手稿中。关于如何包含列出的rrid或生成新的rrid的更多信息，可以在资源识别门户．

在报告与论文结论相结合的新化合物时，作者必须提供化合物的化学结构、合成和表征，并提供足够的实验细节，以便其他研究人员重现合成和表征过程。

对于突变株和细胞系等生物材料，《自然作品集》杂志建议作者使用现有的公共资源库(例如，杰克逊实验室,欧洲老鼠变异档案(艾玛),欧洲条件小鼠诱变计划(EUCOMM)敲除老鼠项目(可)Addgene，理研生物资源中心,突变鼠区域资源中心，美国类型文化收藏，并在手稿中提供登录编号。

细胞系:我们强烈鼓励在存储库中沉积新的细胞系，并将它们与认证证书一起分发。或者，我们建议作者为他们的新细胞系建立一个概要文件，以便将来进行身份验证。用于研究的人类细胞系的分配不应受到来自捐赠者的限制。开发细胞系的研究人员必须调查并公开与他们所使用的组织相关的任何限制编辑以作进一步解释。)细胞系的错误鉴定和交叉污染是一个常见的问题，后果严重。作者被要求报告他们的细胞系的来源和认证(相关资源在进一步阅读中列出)”。

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计算机代码和算法的可用性和同行评审

作者必须根据要求向编辑和审稿人提供任何以前未报告的自定义计算机代码或算法，用于生成论文中报告的结果和其主要主张的核心。任何排除代码或算法共享需求的原因都将由编辑进行评估，如果重要代码不可用，编辑保留拒绝论文的权利。

对于所有使用自定义代码或数学算法的研究，必须在“代码可用性”标题下包含一个声明，说明是否以及如何访问代码或算法，包括访问的任何限制。代码可用性声明应该在数据可用性声明之后、引用之前作为一个单独的部分提供。

《自然投资组合》杂志认为，在发布自定义计算机代码时，允许读者重复已发表的结果是最佳实践。代码应该存放在doi -mint存储库中，例如Zenodo，Gigantum或代码的海洋并在参考书目中引用，遵循指南所述在这里．鼓励作者管理后续的代码版本，并使用许可证由开源计划批准。关于如何访问代码以及任何限制的完整细节必须在代码可用性声明中描述。

代码/算法/软件的同行评审:《自然》杂志的一个子集(如下所列)对自定义代码或数学算法和软件进行同行评审，当这些代码或数学算法和软件是手稿的核心时。对于代码/算法同行评审，我们要求在同行评审过程中发布代码/算法，由同行评审人员进行验证，并在发布时发布代码/算法。作者必须填写代码和软件提交清单．在提交和接受稿件时，可以找到进一步详细的指导和所需的文件在这里．

  • 自然
  • 自然生物医学工程
  • 自然生物技术
  • 自然癌症
  • 催化性质
  • 自然化学生物学
  • 化学性质
  • 自然通讯-生命科学
  • 自然计算科学
  • 电子性质
  • 自然能源
  • 人类行为
  • 自然免疫学
  • 自然机器智能
  • 自然医学
  • 自然方法
  • 自然神经科学
  • 自然的协议
  • 自然的合成
  • 沟通心理学

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试验协议

Nature Portfolio杂志鼓励作者在他们选择的协议共享平台上分享他们逐步的实验协议。如果有这样的协议，请在论文中提供DOI或其他引用细节。自然组合的协议交换是一个免费使用和开放的协议资源;存放于协议交换are citable and can be linked from the published article.More details can found atwww.sabinai-neji.com/protocolexchange/about．

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预注册

Nature Portfolio期刊支持研究预注册(包括临床试验)和分析计划在公共资料库的预注册;提交时应提供预注册的详细信息。

注册报告，一种旨在减少出版偏见和增加方法严谨性的研究文章格式，可在人类行为，以供个别学科选择自然通讯，自然的方法,而且科学报告．注册报告涉及两个阶段的同行评审方法，其中方法和分析在进行预期的研究之前进行预注册和同行评审。

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复制的研究

Nature Portfolio欣赏先前发现的复制价值。我们欢迎重复研究的提交，这些研究为以前发表的结果提供了新的见解，并将使用我们适用于其他提交的相同编辑标准来评估这些提交。

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临床试验

报告II期和III期随机对照试验的作者必须参考CONSORT声明建议以促进试验结果的完整和透明报告。不符合CONSORT准则的报告可能需要在正式审查之前进行修订。

鼓励报告有肿瘤标志物的预后研究的作者遵循评论指南完整和透明的报告。

前瞻性临床试验必须在患者入组前进行注册www.clinicaltrials.gov或与ICMJE建立的标准相匹配的类似公共存储库。合适的公开可用注册中心是ICMJE网站上列出的注册中心，以及参与世卫组织国际临床试验注册平台的任何主要注册中心，包括由BMC管理和发布的ISRCTN注册中心(BMC是施普林格Nature的一部分)。试验注册号必须在论文中注明。以确定药代动力学为主要目标的试验可豁免。

为了描述人类生物标本，我们建议参考BRISQ报告指南(生物标本报告以提高研究质量)，并确保至少提供第1层特征(doi: 10.1002 / cncy.20147）.

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Nature Portfolio期刊的社论

Reporting requirements and reproducibility

数据的可用性

  • Nature支持启用FAIR数据倡议，并要求作者将数据存放在社区存储库中。声明:地球科学的公平数据．
  • 随着研究界拥抱数据共享，学术期刊可以尽自己的一份力提供帮助。从本月开始，所有接受在《自然》杂志发表的研究论文和最初12篇其他《自然》投资组合论文将被要求包括其他人是否以及如何访问基础数据的信息。自然通告:数据在哪里?2016年9月。
  • 在我们不断追求可复制性的过程中，自然and the Nature Portfolio journals are strengthening our editorial links with the journal科学数据加强我们的数据可用性实践。自然．加强数据获取实践2014年11月。
  • 数据集现在可以发布、共享和引用科学数据．自然物理．分享很好2014年7月。
  • 数据必须易于获取，以支持科学出版物的结论，并使研究产生影响。自然遗传学．这与数据无关2012年2月。
  • A recent report highlights the urgent issues regarding the preservation of large datasets.自然神经科学．确保数据完整性, October 2009.
  • 参考数据集应该以可引用的形式独立于科学论文，允许归因。自然细胞生物学．共享数据， 2009年11月。
  • 在研究出版物发布之前(或与研究出版物一起)向公共数据库发布的数据集应给予数字对象标识符。自然遗传学．数据生产者值得被引用, October 2009.
  • 科学界需要制定更好的激励措施，鼓励遵守规定，并奖励那些分享的人。自然神经科学．有数据吗?2007年8月。
  • 微归因的程序需要由期刊和数据库建立。自然遗传学．竞争，合作，强迫2007年8月。
  • 在线出版应该让“数据不显示”成为过去。自然细胞生物学．没什么可隐藏的(数据未显示)2006年6月。

Discipline-specific data sets

  • 来自全基因组关联研究的数据应该报告和保存，即使这些数据没有达到全基因组的显著性水平。自然遗传学．要求更多2012年6月。
  • 理想情况下，人类外显子组测序数据在提交前应存档在适当的存储库中，作者必须在同行评审前解释他们的数据管理计划。自然遗传学．捕获和释放2011年9月。
  • 参考数据集应该以可引用的形式独立于科学论文，允许归因。自然细胞生物学．共享数据， 2009年11月。
  • 提出了一种连接数据库和作者的通用标记系统。自然生物技术．逾期的信用2009年7月。
  • 必须提供转基因小鼠品系。自然．共享原则， 2009年6月。
  • 蛋白质组学数据沉积。自然方法．你应该分享你的数据2008年3月。
  • 描述《自然》杂志基因组序列的知识共享许可。自然．共享的基因组2007年12月。
  • 科学家们以惊人的速度创造新名词或新词，但名称的选择可能会产生不可预见的结果。结构与分子生物学．Name that gene!2007年8月。
  • 原始的蛋白质组学和分子相互作用数据应在提交时存放在存储库中民主化蛋白质组学数据(2007年3月)，研究人员应该接受最低信息报告准则。领导力的时间(2007年8月)。自然生物技术．
  • 全基因组关联研究的工具现在已经可用。在这里，我们介绍了该杂志目前在这一研究领域的手稿标准。自然遗传学．一个全动力风险引擎的框架2005年11月。
  • 生物学研究必须为复制提供必要的数据。自然医学．结构完整性， 2005年2月
  • 如何讨论祖先和种族。自然遗传学．未经审视的“白种人”， 2004年6月。
  • 澄清Nature Portfolio期刊关于化学结构数据沉积的政策。自然．晶莹剔透2005年6月。
  • 涉及RNAi的研究需要对照。自然细胞生物学．RNAi向何处去?2003年6月。
  • 微阵列研究的对照。自然免疫学．微阵列的政策，二零零三年二月。
  • 涉及微阵列研究的数据要求。自然细胞生物学．微阵列数据标准2002年11月。
  • 微阵列社区已经发布了指导方针，将使他们的数据更加有用和可访问。自然．最后是微阵列标准2002年9月。
  • 任何包含新的结构数据的论文，如果没有布鲁克海文蛋白质数据库的登录号，将不被接受。自然．结构数据的新政策1998年7月。
  • 国家和社会主席的声明强调了对人类基因组数据能够迅速公开获取的关切。自然．基因组获取规则， 1990年3月。

材料的可获得性

  • 必须不限制患者来源的细胞系或其他组织的再分配。自然．常见的同意， 2009年8月20日
  • 自然化学生物学致力于加强跨学科交流，并以在线内容为特色，为我们的读者增加化学信息的可访问性。自然化学生物学．化学信息的新面貌2007年6月。
  • 生物学家注意:向《自然》作品集提交的材料应包含所使用的材料和试剂的完整描述。自然．照亮黑盒子，二零零六年七月十六日。
  • 务实地调整我们的材料共享政策。自然细胞生物学．分享科学2006年5月。
  • 在化学家和生物学家之间共享数据、材料和信息的社区标准是非常必要的。自然化学生物学．分子异花受精， 2006年2月
  • 分享资料以促进可复制的研究。自然细胞生物学．政策更新2005年3月。
  • 分享资料以促进可复制的研究。自然遗传学．“好公民”还是好企业?， 2004年10月。

细胞系识别的资源

为了帮助遏制无意中使用交叉污染或以其他方式被错误识别的细胞系，作者被要求检查他们的试剂与已知的被错误识别的细胞系列表由国际Cell Line认证委员会(ICLAC) and also accessible through the NCBIBioSample数据库．如果使用这个列表上的细胞系，作者应该提供科学的理由，并在方法部分说明身份问题。编辑保留要求从论文中删除数据的权利，如果认为理由不令人满意。此外，作者必须识别细胞系的来源(如果从供应商或细胞库获得，则提供目录号)，并报告细胞系是否已经过认证。它们应该包括使用的方法、结果以及最后一次为该单元系执行身份验证测试的时间。认证测试结果必须按要求提供。支原体污染检测状态也必须报告。截至2015年5月，这些要求在细胞系错误识别问题已被充分记录的癌症研究中特别强调，但强烈鼓励所有学科的作者遵守这些报告标准。从信誉良好的储存库获取细胞株是一种很好的做法，可以定期验证细胞株库存，并对其进行支原体污染测试。接下来是单元线身份验证资源。

STR配置文件和错误识别的细胞系数据库:

背景与指导:

计算机代码的可用性

  • 《自然》杂志鼓励那些依靠定制软件提交论文的研究人员为同行评审提供程序。自然您的代码经得起审查吗?2018年3月。
  • 共享数据是高效科学进步的关键。更多的开放代码也会有好处。自然地球科学．透明度2014年11月。
  • 《自然·投资组合》期刊上的论文应尽可能使计算机代码易于访问。自然．代码共享2014年10月。
  • 计算方法的有用性可以通过发布代码和设计支持可重复研究的软件来提高。自然方法．有影响力的软件2014年3月。(See also this评论）
  • Review, replication, reuse and recognition are all incentives to provide code.自然遗传学．代码信用2014年1月。
  • 提高计算分析与生物学的整合将需要更好的文档、验证和与论文相关的软件的可访问性。自然生物技术．需要升级2013年10月。
  • 作为新方法的一部分定制开发的软件必须在出版时向读者提供。自然方法．社交软件, March 2007.

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