报告标准和数据、材料、代码和协议的可用性

发表的一个固有原则是，其他人应该能够复制和建立作者发表的观点。在《自然组合》期刊上发表文章的条件是作者被要求将材料、数据、代码和相关协议及时地提供给读者，而不受不适当的限制。对材料或信息可用性的任何限制必须在提交时向编辑披露。任何限制也必须在提交的稿件中披露。

在文章发表后，如果读者遇到作者拒绝遵守这些政策，应与期刊主编联系。如果编辑无法解决投诉，期刊可能会将此事提交给作者的资助机构和/或发表一份正式的更正声明，并附在出版物的网络版上，声明读者无法获得必要的材料来复制研究结果。

在这一页

报告要求

《自然组合》期刊旨在提高所有科学领域报告的透明度和已发表结果的可重复性。同行评议前，通讯作者必须完成一份编辑政策清单确保遵守《自然组合》的编辑政策;在相关的情况下，送审的稿件必须包括完整的报告摘要文件

生命科学、行为与社会科学、生态学、进化与环境科学研究的报告要求

生命科学、行为与社会科学、生态学、进化与环境科学领域的研究文章的作者需要提供实验和分析设计元素的详细信息，而这些元素在学术期刊中经常被报道得很差报告总结这将在稿件评估期间提供给编辑和审稿人。报告摘要将与所有接受的稿件一起发表。

物理科学研究报告要求

对于物理科学，我们要求某些特定领域的研究文章的作者在报告摘要中提供特征描述或实验和分析设计的详细信息，这些摘要将在手稿评估期间提供给编辑和审稿人，并与接受的手稿一起发表:

参考副本

请注意:由于这些表单中使用的高级功能，您必须使用Adobe Reader打开文件并填写。如果您希望快速查看表格或希望在完成模板时参考指导文本，请访问平面参考副本:

我们支持社区为提高方法报告的透明度和质量所做的努力。因此，我们使这些模板可以重用和改编，并在aCC-BY许可证．

与统计数据的使用和报告有关的指导和资源是可用的在这里．

报告和材料的可用性要求，地质，考古，和古生物研究

地质样品、考古材料和古生物标本的详细资料应包括明确的物源信息，以确保研究方法的充分透明。样品应始终以负责任的方式收集和出口，并按照相关许可证和当地法律。任何详细介绍受保护地点新材料的提交都应包括有关获得必要许可的信息。古生物学和模式标本应存放在公认的博物馆或收藏品中，以允许其他研究人员永久自由访问。在适用的情况下，应为博物馆存放提供加入代码，我们鼓励将化石标本的三维扫描存放在一个永久的、可访问的存储库中，以方便科学界的研究。

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数据的可用性

数据可用性:所有在《自然组合》期刊上发表的报告原创研究的手稿必须包括一篇论文数据可用性声明．数据可用性声明必须使对“最小数据集”的访问条件对读者透明，这些条件是解释、验证和扩展文章中的研究所必需的。这个最小的数据集可以通过公共社区/特定学科的存储库、特定类型数据集的自定义专有存储库或通用存储库(如Figshare、Zenodo和Dryad)提供。强烈不鼓励在补充信息中提供大型数据集，首选的方法是在存储库中提供数据。科学数据《自然投资组合》(Nature Portfolio)旗下的期刊，维护着一份关于批准和推荐的数据存储库支持研究人员为其数据寻找合适的存储库。请参阅我们的作者的政策有关作者在出版时保存和提供数据、代码和材料的责任的信息。作者有责任获得所有必要的许可，并确保符合数据共享的当地监管要求。

某些类型的数据需要强制存放;请参阅下表中的推荐存储库。支持数据必须在投稿时提供给编辑和同行审稿人，以便评估稿件。任何关于分享的限制必须在提交时与编辑讨论，如果发现这些条件过于禁止，编辑保留拒绝研究的权利。

Nature Portfolio期刊的数据可用性策略与标准化的研究数据政策由b施普林格大自然设定。需要帮助理解我们的数据共享政策、寻找合适的数据存储库或组织和共享研究数据的作者可以访问我们的作者支持门户获取更多指导。

数据可用性声明应包括以下方面的相关信息:

  • 必须提供有关访问主要数据集(研究期间生成的)和参考数据集(研究中分析的数据集)的信息。如果数据是公开可用的，则必须提供接入码或其他相关的唯一标识符。
  • 临床试验数据报告临床试验数据的文稿的数据可得性声明应遵循ICMJE建议中规定的标准临床试验数据共享并提供以下资料:
    • 是否会共享个别已去识别的参与者数据(包括数据字典)(“未决定”不可取);
    • 具体哪些数据将被共享;
    • 是否有其他相关文件(如研究方案、统计分析计划等);
    • 数据何时可用，可用多长时间;
    • 通过什么访问标准共享数据(包括与谁共享，为了什么类型的分析，以及通过什么机制)。
  • 受访问控制的数据可用性数据可用性声明应包括以下信息:受控访问的原因(例如:，privacy, ethical/legal issues), conditions of access must be described precisely including contact details for access requests, timeframe for response to requests, restrictions imposed on data use via data use agreements. A copy or link to the data use agreement should be provided if requested by editors. Restrictions on controlled access datasets including restrictions on downstream data reuse or authorship requirements must be clearly described in manuscript and to editors at the time of submission. Editors may decline further consideration of the manuscript after evaluation if restrictions are found to be unduly prohibitive.
  • 第三方数据:当无法提供从第三方获得的数据时，应在数据可用性声明中明确说明限制条件。如果审稿人提出要求，作者必须在数据使用协议的条款内，并在符合道德和法律要求的情况下，为同行评议提供数据。

·专有数据:作者有责任确保并获得第三方数据提供者的同意，研究中使用的数据集将在数据可用性声明中规定的条件下可用(包括数据集是否收费)，以确保发表后可用于复制和验证目的。此目的的可用性必须在数据可用性声明中明确说明。

·行政数据(包括政府、地方当局和国际组织持有的数据):使用行政数据的社会科学和其他研究必须确保数据的使用符合管理数据使用的地方监管和法律框架。

·第三方提供者的身份:第三方数据提供者的身份必须在投稿和同行评审时告知编辑。我们期望数据可用性声明将说明第三方数据源的身份;数据提供者的身份与研究无关和/或公开发布对数据提供者构成声誉或商业风险的研究可以例外。参见已发布的示例在这里和在这里．

研究人员应在稿件中提供足以支持同行评议的数据收集方法的信息。如果数据处理步骤是由第三方执行的，不在作者的控制范围内，则应在方法中明确说明。如果稿件未能提供有关数据收集方法的足够信息，编辑保留拒绝考虑的权利。

数据引用:存储在存储库中的数据集应作为正式引用包含在文章参考文献列表中。这包括研究期间生成的数据集以及研究期间分析的现有数据集。数据集的引用应包含DataCite推荐的最少信息，并遵循Nature Portfolio风格，包括:作者、标题、发布者(存储库名称)和标识符。

包括doi在内的数据集标识符应该表示为完整的url。例如:Hao, Z.， AghaKouchak, A, Nakhjiri, N.和Farahmand, A.全球综合干旱监测和预测系统(GIDMaPS)数据集。figsharehttp://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.853801 (2014)

关于编写数据可用性声明和数据引用的更多信息可通过施普林格自然研究数据政策页面．

特定数据集的授权

对于以下类型的数据集，必须提交到社区认可的公共存储库。论文中必须提供入库编号。下面列出了适当的公共存储库示例在这里．

强制性的沉积 合适的存储库
蛋白质序列 Uniprot
DNA和RNA序列 基因库
日本DNA数据库(DDBJ)
EMBL核苷酸序列数据库(ENA)
DNA和RNA测序数据 NCBI跟踪档案
NCBI序列读取档案(SRA)
遗传多态性 dbSNP
dbVar
欧洲变异档案(EVA)
链接基因型和表型数据 dbGAP
欧洲基因组-现象档案(EGA)
大分子结构 世界蛋白质数据库(wwPDB)
生物磁共振数据库(BMRB)
电子显微镜数据库(EMDB)
基因表达数据(必须符合MIAME标准) 基因表达图谱(GEO)
ArrayExpress
小分子的结晶学数据 剑桥结构数据库
蛋白质组学数据 骄傲
*地球、空间和环境科学 推荐的存储库

*从2019年1月起，如果有社区知识库可用，我们将要求通过这些知识库共享发表在《自然》、《自然地球科学》和《通信地球与环境》上的地球、空间和环境科学论文。如果没有这样的存储库，数据集可以托管在一般的数据存储库中，如Figshare、Dryad或Zenodo。看到我们的编辑了解更多详情。

特殊注意事项

DNA和蛋白质序列当发表参考基因组时，除了序列读数外，还必须提供汇编。即使是短时间的新序列信息，如表位、功能域、遗传标记或单倍型，也必须保存序列。短篇小说序列必须包含周围序列信息以提供上下文。必须提供所有小RNA探针的序列，这是本文结论的核心。

人类受试者的相关表型和基因型数据:应该提交到具有适当访问控制的公共存储库(见上文)。对敏感数据(例如电子医疗记录、法医数据和弱势群体的个人数据)访问的任何限制都需要解释限制的性质和原因，并详细说明可以访问或重用数据的条件。(参见相关的自然遗传学编辑讨论隐私问题。)

大分子结构:官方验证报告来自wwPDB都需要同行评审。原子坐标和相关实验数据(晶体结构的结构因子振幅/强度，或核磁共振结构的约束)必须根据要求提供。电子显微镜导出的密度图和坐标数据必须存储在EMDB中。存储库中的可访问性必须指定为“在发布时立即发布”。

小分子晶体学数据:从晶体学分析中报告小分子新的三维结构的手稿应包括。cif文件和带有概率椭球的结构图，作为补充信息发表。还应提交每个结构的结构因素。结构因素和结构输出都必须使用IUCR CheckCIF例程进行检查，并且在提交时必须包含输出的PDF副本，以及报告的任何警报的理由。

对其他数据集的建议

除了这些要求之外，共享任何数据集的首选方式是通过公共存储库。《科学数据》是《自然组合》期刊的姊妹刊物已批准和推荐的数据存储库列表有纪律的。请参考此列表，为您的数据集确定合适的存储库。

当特定数据类型的存储库不存在时，作者可以通过figshare或德律阿得斯，两个通用的科学数据存储库。

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材料的可用性

在Nature Portfolio期刊上发表文章的一个条件是，作者被要求及时地将独特的材料提供给其他人，而不需要过多的限制。要求支付合理的费用来支付分发费用是可以接受的，试剂可以通过商业或非商业第三方供应商提供。对材料可用性的任何限制，包括材料是否由营利性公司分发，必须在论文中明确说明。按我们关于作者责任的政策，除非另有说明，通信作者(或相关指定作者)将负责材料的可用性。

自然组合支持资源识别计划，目的是促进对关键生物资源的独特、持续识别和跟踪，包括抗体、细胞系、模式生物和工具。方法提供的唯一标识符资源识别门户(RRIDs;例如，Antibody:RRID: AB_2140114;生物:RRID: MGI_MGI: 3840442)，在手稿中。有关如何纳入已列出的rrid或生成新的rrid的更多信息，请参阅资源识别门户．

报告新化合物的作者必须提供化合物的化学结构、合成和表征，并提供足够的实验细节，以允许其他研究人员重现合成和表征。

对于突变株和细胞系等生物材料，《自然组合》期刊建议作者使用现有的公共资源库(例如，杰克逊实验室,欧洲老鼠突变体档案(艾玛),欧洲条件小鼠诱变计划(EUCOMM)敲除小鼠项目(可)Addgene，理研生物资源中心,突变小鼠区域资源中心，美式文化收藏，并在手稿中提供加入号。

细胞系:我们强烈鼓励将新的细胞系沉积在存储库中，并将其与认证证书一起分发。或者，我们建议作者建立他们的新细胞系的概况，以便将来进行认证。用于研究的人类细胞系的分发不应受到捐赠者限制的阻碍。开发细胞系的科学家必须调查并披露与他们正在使用的组织相关的任何限制(见本刊)编辑以作进一步解释。)细胞系的错误识别和交叉污染是造成严重后果的常见问题。作者被要求报告其细胞系的来源和鉴定(相关资源在进一步阅读中列出)”。

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计算机代码和算法的可用性和同行评审

作者必须根据编辑和审稿人的要求，提供任何以前未报告的自定义计算机代码或算法，这些代码或算法用于生成论文中报告的结果，并且是其主要主张的核心。任何不需要代码或算法共享的原因都将由编辑评估，如果无法获得重要代码，编辑保留拒绝论文的权利。

对于所有使用自定义代码或数学算法的研究，这些代码或数学算法被认为是结论的核心，必须在“代码可用性”标题下包含声明，说明是否可以访问代码或算法，以及如何访问，包括访问的任何限制。代码可用性语句应该作为数据可用性语句之后但在引用之前的单独部分提供。

在发表之后，Nature Portfolio期刊认为发布自定义计算机代码的最佳实践是允许读者重复发表的结果。代码应该存储在生成doi的存储库中，例如Zenodo，Gigantum或代码的海洋并在参考文献列表中引用，遵循所描述的指导方针在这里．鼓励作者管理后续的代码版本，并使用许可证由开源计划批准。有关如何访问代码和任何限制的详细信息必须在代码可用性声明中描述。

代码/算法/软件同行评审:《自然》杂志的一个子集(如下所列)对自定义代码或数学算法和软件进行同行评审，当它是手稿的核心时。对于代码/算法同行评审，我们要求在同行评审过程中发布代码/算法，由同行评审人员验证，并在发表时发布代码/算法。作者必须填写一份代码和软件提交清单．在提交和接受稿件时，可以找到更详细的指导和所需的文件在这里．

  • 自然
  • 自然生物医学工程
  • 自然生物技术
  • 自然癌症
  • 催化性质
  • 自然化学生物学
  • 化学性质
  • 〇自然通讯生命科学
  • 自然-计算科学
  • 电子性质
  • 自然能源
  • 自然-人类行为
  • 自然免疫学
  • 自然-机器智能
  • 自然医学
  • 自然方法
  • 自然神经科学
  • 自然的协议
  • 自然的合成
  • 沟通心理学

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试验协议

Nature Portfolio期刊鼓励作者在他们选择的协议共享平台上分享他们循序渐进的实验协议。如果有这样的协议，请在论文中提供DOI或其他引用细节。自然组合的协议交换是一个免费使用的协议开放资源;存放于协议交换是可引用的，可以从已发表的文章链接。更多细节可以在www.sabinai-neji.com/protocolexchange/about．

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预注册

Nature Portfolio期刊支持研究预注册(包括临床试验)和分析计划在公共存储库的预注册;提交时应提供预注册的详细信息。

注册报告是一种研究文章的格式，旨在减少出版偏倚和增加方法的严谨性自然-人类行为，以供选择学科使用自然通讯，自然的方法,和科学报告．注册报告涉及两阶段同行评审方法，其中方法和分析在开展预期研究之前进行预注册和同行评审。

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复制的研究

自然投资组合欣赏复制先前发现的价值。我们欢迎提交对先前发表的结果提供新见解的重复性研究，并将以与其他提交相同的编辑标准对这些提交进行评估。

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临床试验

报告II期和III期随机对照试验的作者必须参考CONSORT声明就促进完整和透明地报告试验结果提出建议。不符合CONSORT指南的报告可能需要在正式审查之前进行修订。

鼓励使用肿瘤标志物进行预后研究的作者遵循评论指南完整和透明的报告。

前瞻性临床试验必须在患者入组前注册www.clinicaltrials.gov或与ICMJE建立的标准相匹配的类似公共存储库。适当的公开注册是那些在ICMJE网站上列出的注册，以及参与世卫组织国际临床试验注册平台的任何主要注册，包括由BMC管理和发布的ISRCTN注册(BMC是施普林格Nature的一部分)。试验注册号必须在论文中报告。以确定药代动力学为主要目的的试验可以豁免。

在描述人类生物标本时，我们建议参考BRISQ报告指南(提高研究质量的生物标本报告)，并确保至少提供1级特征(doi: 10.1002 / cncy.20147)。

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自然组合期刊的社论

报告要求和再现性

数据的可用性

  • 《自然》支持启用公平数据倡议，并要求作者将数据存储在社区存储库中。公告:地球科学FAIR数据．
  • 随着研究界拥抱数据共享，学术期刊可以尽自己的一份力量来提供帮助。从本月开始，所有被《自然》杂志接受发表的研究论文，以及最初的12篇《自然组合》的其他标题，都将被要求包括其他人是否以及如何访问基础数据的信息。自然公告:数据在哪里?2016年9月。
  • 在我们不断追求可重复性的过程中，自然自然组合期刊正在加强我们与该杂志的编辑联系科学数据加强我们的数据可用性实践。自然．加强数据访问实践， 2014年11月。
  • 数据集现在可以发布、共享和引用科学数据．自然物理．分享是件好事， 2014年7月。
  • 数据必须是可访问的，以支持科学出版物的结论，并使研究产生影响。自然遗传学．这与数据无关2012年2月。
  • 最近的一份报告强调了关于保存大型数据集的紧迫问题。自然神经科学．确保数据完整性， 2009年10月。
  • 参考数据集应该以可引用的形式独立于科学论文，允许归因。自然细胞生物学．共享数据， 2009年11月。
  • 在研究出版物发布之前(或与研究出版物一起)发布到公共数据库的数据集应给予数字对象标识符。自然遗传学．数据生产者值得被引用， 2009年10月。
  • 科学界需要制定更好的激励措施来鼓励遵守并奖励那些分享的人。自然神经科学．有数据吗?2007年8月。
  • 微归因程序需要由期刊和数据库建立。自然遗传学．竞争、合作、强迫， 2007年8月。
  • 在线出版本应使“未显示数据”在很大程度上成为过去。自然细胞生物学．无所隐瞒(数据未显示)， 2006年6月。

特定学科的数据集

  • 来自全基因组关联研究的数据应该被报告和保存，即使这些数据没有达到全基因组水平的显著性。自然遗传学．要求更多， 2012年6月。
  • 人类外显子组测序数据最好在提交前归档在适当的存储库中，作者必须在同行评审前解释他们的数据管理计划。自然遗传学．捕获和释放， 2011年9月。
  • 参考数据集应该以可引用的形式独立于科学论文，允许归因。自然细胞生物学．共享数据， 2009年11月。
  • 提出了一种连接数据库和作者的通用标记系统。自然生物技术．逾期未付的贷款， 2009年7月。
  • 必须提供转基因小鼠品系。自然．共享原则， 2009年6月。
  • 蛋白质组学数据的沉积。自然方法．你应该分享你的数据， 2008年3月。
  • 描述自然组合期刊的基因组序列知识共享许可。自然．共享的基因组， 2007年12月。
  • 科学家以惊人的速度创造新术语或新词，但名称选择可能会产生无法预料的结果。自然，结构与分子生物学．说出那个基因!2007年8月。
  • 原始的蛋白质组学和分子相互作用数据应在提交时存储在存储库中民主化蛋白质组学数据(2007年3月)，研究人员应该接受最低限度的信息报告准则。领导的时间到了(2007年8月)。自然生物技术．
  • 全基因组关联研究的工具现在是可用的。在这里，我们提出了该杂志目前在这一研究领域的手稿标准。自然遗传学．全动力风险引擎的框架， 2005年11月。
  • 生物学研究必须为复制提供必要的数据。自然医学．结构完整性2005年2月。
  • 如何讨论祖先和种族。自然遗传学．未经检查的“高加索人”， 2004年6月。
  • 澄清自然组合期刊关于化学结构数据沉积的政策。自然．晶莹剔透， 2005年6月。
  • 涉及RNAi的研究所需的对照。自然细胞生物学．RNAi向何处去?2003年6月。
  • 涉及微阵列研究的对照。自然免疫学．微阵列的政策2003年2月。
  • 涉及微阵列研究的数据要求。自然细胞生物学．微阵列数据标准， 2002年11月。
  • 微阵列社区已经发布了指导方针，将使他们的数据更有用和可访问。自然．芯片标准， 2002年9月。
  • 如果没有布鲁克海文蛋白质数据库的加入号，任何包含新结构数据的论文将不被接受。自然．结构性数据的新政策1998年7月。
  • 国家主席和协会主席的声明强调了人类基因组数据可以公开、快速获取的担忧。自然．基因组获取规则， 1990年3月。

材料的可用性

  • 对患者来源的细胞系或其他组织的再分配不得有任何限制。自然．常见的同意，二零零九年八月二十日。
  • 自然化学生物学致力于加强跨学科的交流，并以在线内容为特色，增加读者对化学信息的可及性。自然化学生物学．化学信息的新面貌， 2007年6月。
  • 生物学家注意:提交给《自然作品集》的材料和试剂应包含完整的描述。自然．点亮黑盒子2006年7月16日。
  • 务实地调整我们的材料共享政策。自然细胞生物学．分享科学， 2006年5月。
  • 在化学家和生物学家之间共享数据、材料和信息非常需要社区标准。自然化学生物学．分子异花受精， 2006年2月。
  • 共享材料促进可复制研究。自然细胞生物学．政策更新2005年3月。
  • 共享材料促进可复制研究。自然遗传学．“好公民”还是“好企业”?， 2004年10月。

细胞系识别的资源

为了帮助防止无意中使用交叉污染或其他错误鉴定的细胞系，作者被要求检查他们的试剂与已知的错误鉴定的细胞系列表国际细胞系认证委员会(ICLAC)，也可通过NCBI访问BioSample数据库．如果使用列表上的细胞系，作者应提供科学依据，并在方法部分说明身份问题。编辑保留权利，要求删除数据，如果理由被认为是不令人满意的论文。此外，作者必须确定细胞系的来源(如果从供应商或细胞库获得，则有目录编号)，并报告细胞系是否经过认证。它们应包括所使用的方法、结果以及最后一次对该细胞系进行认证测试的时间。认证测试结果必须根据要求提供。支原体污染检测状况也必须报告。截至2015年5月，这些要求特别强调癌症研究，因为细胞系错误识别的问题已经得到了很好的记录，但强烈鼓励所有学科的作者遵守这些报告标准。从信誉良好的储存库获取细胞系，对细胞系库存进行常规鉴定并对其进行支原体污染检测是一种良好的做法。下面是关于细胞系身份验证的参考资料。

STR档案和错误识别的细胞系数据库:

背景和指导:

计算机代码的可用性

  • 《自然》杂志鼓励那些使用定制软件提交论文的研究人员为同行评审提供程序。自然你的代码经得起推敲吗?2018年3月。
  • 共享数据是高效科学进步的关键。更多的开放代码也将是有益的。自然地球科学．透明度， 2014年11月。
  • 《自然组合》期刊上的论文应该尽可能地使计算机代码可访问。自然．代码共享， 2014年10月。
  • 通过发布支持可重复性研究的代码和设计软件，可以提高计算方法的实用性。自然方法．有影响力的软件， 2014年3月。(参见评论）
  • 审查、复制、重用和识别都是提供代码的动机。自然遗传学．代码信用2014年1月。
  • 提高计算分析与生物学的整合将需要更好的文档、验证和与论文相关的软件的可访问性。自然生物技术．需要升级， 2013年10月。
  • 作为新方法的一部分定制开发的软件必须在出版时向读者提供。自然方法．社交软件， 2007年3月。

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