跳到主要内容gydF4y2Ba

感谢您访问nature.com。您使用的是对CSS支持有限的浏览器版本。为了获得最好的体验，我们建议您使用最新的浏览器(或关闭Internet Explorer的兼容性模式)。同时，为了确保持续的支持，我们将在没有样式和JavaScript的情况下显示站点。gydF4y2Ba

RORγtgydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞指示肠道微生物群特异性TgydF4y2Ba注册gydF4y2Ba细胞分化gydF4y2Ba

自然gydF4y2Ba体积gydF4y2Ba610gydF4y2Ba，gydF4y2Ba页面gydF4y2Ba737 - 743 (gydF4y2Ba2022gydF4y2Ba）gydF4y2Ba引用本文gydF4y2Ba

主题gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba出版商校正gydF4y2Ba本文发表于2022年9月23日gydF4y2Ba

本文已被gydF4y2Ba更新gydF4y2Ba

摘要gydF4y2Ba

肠道微生物群和宿主免疫系统的相互关系促进了内稳态，确保了微生物群落和主要非侵略性免疫细胞室的维持gydF4y2Ba1gydF4y2Ba，gydF4y2Ba2gydF4y2Ba．破坏这种平衡的后果包括近端炎症，如克罗恩病和全身性疾病。这种平衡部分是通过诱导适应性免疫系统的效应臂和抑制臂来实现的。gydF4y2Ba幽门螺杆菌gydF4y2Ba物种诱导;调节gydF4y2Ba注册gydF4y2Ba)和T滤泡辅助细胞(TgydF4y2Ba跳频gydF4y2Ba细胞，但诱导炎性T辅助性17 (TgydF4y2BaHgydF4y2Ba17)细胞诱导TgydF4y2Ba注册gydF4y2Ba(它gydF4y2Ba注册gydF4y2Ba)细胞受损gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba4gydF4y2Ba．如何gydF4y2Ba幽门螺杆菌gydF4y2Ba和其他肠道细菌指导T细胞发挥不同的功能仍然知之甚少。在这里，我们研究了iT所需的细胞和分子成分gydF4y2Ba注册gydF4y2Ba细胞分化。我们发现通过表达RORγt的细胞呈递抗原，而不是通过经典的树突状细胞，是诱导T的必要和充分条件gydF4y2Ba注册gydF4y2Ba细胞。这些RORγtgydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞——可能是3型先天淋巴样细胞和/或Janus细胞gydF4y2Ba5gydF4y2Ba-需要抗原呈现机制，趋化因子受体CCR7和TGFβ激活剂αgydF4y2BavgydF4y2Ba整合素。在没有这些因素的情况下，致病性T细胞扩增gydF4y2BaHgydF4y2Ba17个细胞而不是iTgydF4y2Ba注册gydF4y2Ba细胞，由ccr7独立抗原提呈细胞诱导。因此，肠道共生微生物及其产物靶向多个具有预先确定的特征的抗原提呈细胞，适合引导适当的T细胞分化程序，而不是它们赋予适当功能的普通抗原提呈细胞。gydF4y2Ba

这是订阅内容的预览，gydF4y2Ba通过你所在的机构访问gydF4y2Ba

相关的文章gydF4y2Ba

引用本文的开放获取文章。gydF4y2Ba

访问选项gydF4y2Ba

买条gydF4y2Ba

在ReadCube上获得时间限制或全文访问。gydF4y2Ba

32.00美元gydF4y2Ba

买gydF4y2Ba

所有价格均为净价格。gydF4y2Ba

图1:iT分化对抗原呈递和CCR7表达的不同要求gydF4y2Ba注册gydF4y2Ba与致病性TgydF4y2BaHgydF4y2Ba17细胞。gydF4y2Ba
图2:RORγt抗原提呈gydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞是微生物群诱导的iT所必需的gydF4y2Ba注册gydF4y2Ba细胞分化。gydF4y2Ba
图3:RORγtgydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞需要CCR7来促进iTgydF4y2Ba注册gydF4y2Ba细胞分化。gydF4y2Ba
图4:整合素α的作用gydF4y2BavgydF4y2BaβgydF4y2Ba8gydF4y2Ba在RORγtgydF4y2Ba+gydF4y2BaAPC-dependent它gydF4y2Ba注册gydF4y2Ba细胞分化。gydF4y2Ba
图5:RORγt抗原提呈gydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞足以促进iTgydF4y2Ba注册gydF4y2Ba细胞分化。gydF4y2Ba

数据可用性gydF4y2Ba

本项目生成的数据可在基因表达集合中获得，并带有登录代码gydF4y2BaGSE200148gydF4y2Ba．GEO加入数据gydF4y2BaGSE176282gydF4y2Ba用于分析。使用10x Genomics提供的refdata-gex-mm10-2020-A参考库生成基因表达计数矩阵。gydF4y2Ba

代码的可用性gydF4y2Ba

本手稿中用于分析的所有代码均可在gydF4y2Bahttps://github.com/nygctech/Kedmi-CITEseqgydF4y2Ba．gydF4y2Ba

改变历史gydF4y2Ba

参考文献gydF4y2Ba

  1. 胡珀，L. V.，利特曼，D. R. &麦克弗森，A. J.微生物群与免疫系统之间的相互作用。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba336gydF4y2Ba， 1268-1273(2012)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  2. 安萨尔多，E，法利，t.k.和贝尔凯德，Y.微生物群对免疫的控制。gydF4y2Ba为基础。启Immunol。gydF4y2Ba39gydF4y2Ba， 449-479(2021)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  3. Xu, M. et al. c- maf依赖性调节性T细胞介导对肠道病原体的免疫耐受。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba554gydF4y2Ba， 373-377(2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  4. Chai, J. N.等。幽门螺杆菌是结肠内稳态和炎症反应的有力驱动因素。gydF4y2Ba科学。Immunol。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba， eaal5068(2017)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  5. 王，J.等。单细胞多组学定义了与胸腺上皮具有独特同源性的耐受性胸腺外aire表达群体。gydF4y2Ba科学。Immunol。gydF4y2Ba6gydF4y2Ba， eabl5053(2021)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  6. Russler-Germain, e.v.等。肠道gydF4y2Ba幽门螺杆菌gydF4y2Ba通过多个树突状细胞亚群的表达，能够产生环境特异性的调节性T细胞。gydF4y2BaeLifegydF4y2Ba10gydF4y2Ba， e54792(2021)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  7. Darrasse-Jèze, G.等。树突状细胞对体内调节性T细胞稳态的反馈控制。gydF4y2Ba实验，医学。gydF4y2Ba206gydF4y2Ba， 1853-1862(2009)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  8. 杜雷，V. &墨菲，K. M.小鼠树突细胞的功能。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba45gydF4y2Ba， 719-736(2016)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  9. Esterházy, D.等。经典树突状细胞是饮食抗原介导的外周T诱导所必需的gydF4y2Ba注册gydF4y2Ba细胞和耐受性。gydF4y2BaImmunol Nat。gydF4y2Ba17gydF4y2Ba， 545-555(2016)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  10. Nussenzweig, m.c, Steinman, r.m, Gutchinov, B. & Cohn, Z. A.树突状细胞是抗三硝基苯细胞毒性T淋巴细胞发育的辅助细胞。gydF4y2Ba实验，医学。gydF4y2Ba152gydF4y2Ba， 1070-1084(1980)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  11. Sefik, E.等人。单个肠道共生体诱导不同的RORγ群体gydF4y2Ba+gydF4y2Ba调节性T细胞。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba349gydF4y2Ba， 993-997(2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  12. 伊斯特哈齐，D.等人。间隔性肠淋巴结引流决定了适应性免疫反应。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba569gydF4y2Ba， 126-130(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  13. Worbs, T.等人。口服耐受性起源于肠道免疫系统，依赖于树突状细胞的抗原运输。gydF4y2Ba实验，医学。gydF4y2Ba203gydF4y2Ba， 519-527(2006)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  14. Koscso, B.等人。Gut-resident CX3CR1gydF4y2Ba嗨gydF4y2Ba巨噬细胞原位诱导三级淋巴结构和IgA反应。gydF4y2Ba科学。Immunol。gydF4y2Ba5gydF4y2Ba， eaax0062(2020)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  15. 米尔德纳，A. &荣格，S.树突细胞亚群的发育和功能。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba40gydF4y2Ba， 642-656(2014)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  16. Anderson, D. A. 3, duterte, C. A.， Ginhoux, F. & Murphy, K. M.人类和小鼠树突细胞发育和功能的遗传模型。gydF4y2BaNat. Rev. Immunol。gydF4y2Ba21gydF4y2Ba， 101-115(2021)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  17. 库姆斯，J. L.等。粘膜CD103的功能专门化群体gydF4y2Ba+gydF4y2BaDCs诱导Foxp3gydF4y2Ba+gydF4y2Ba通过TGF-β和维甲酸依赖机制调节T细胞。gydF4y2Ba实验，医学。gydF4y2Ba204gydF4y2Ba， 1757-1764(2007)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  18. 佩尔松，e.k.等。IRF4转录因子依赖性CD103gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD11bgydF4y2Ba+gydF4y2Ba树突状细胞驱动粘膜T辅助17细胞分化。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba38gydF4y2Ba， 958-969(2013)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  19. Pool, L.， Rivollier, A. & Agace, W. W.树突细胞中IRF4的缺失导致T细胞依赖性结肠炎的延迟发作。gydF4y2Baj . Immunol。gydF4y2Ba204gydF4y2Ba， 1047-1055(2020)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  20. Wohn, C.等人。cDC1树突状细胞上MHC II类的缺失触发对交叉呈递自身抗原的致命自身免疫。gydF4y2Ba科学Immunol。gydF4y2Ba5gydF4y2Ba， eaba1896(2020)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  21. 山野，T.等。淋巴结中空气表达的ilc3样细胞表现出强烈的APC特征。gydF4y2Ba实验，医学。gydF4y2Ba216gydF4y2Ba， 1027-1037(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  22. 海普沃斯，m.r.等。第3组先天淋巴样细胞介导共生细菌特异性CD4的肠道选择gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba348gydF4y2Ba， 1031-1035(2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  23. 巴特尔森，J. M.等。强直性T细胞受体信号的强度指示T滤泡辅助细胞命运的决定。gydF4y2BaImmunol Nat。gydF4y2Ba21gydF4y2Ba， 1384-1396(2020)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  24. 麦克利，e.c.等。依赖ccr7的RORγ转运gydF4y2Ba+gydF4y2BaILCs在粘膜引流淋巴结内创造了独特的微环境。gydF4y2BaCommun Nat。gydF4y2Ba6gydF4y2Ba， 5862(2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  25. 金，M. H.， Taparowsky, E. J. &金，C. H.视黄酸差异调节先天淋巴样细胞亚群向肠道的迁移。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba43gydF4y2Ba， 107-119(2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  26. 王，R.等。GARP调节TGFβ的生物利用度和激活。gydF4y2Ba摩尔。杂志。细胞gydF4y2Ba23gydF4y2Ba， 1129-1139(2012)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  27. Lienart, S.等人。GARP对人调节性T细胞潜在TGF-β1表达和激活的结构基础。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba362gydF4y2Ba， 952-956(2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  28. 秦勇，等。神经系统中小胶质细胞功能所需的TGF-β环境分子。gydF4y2Ba细胞gydF4y2Ba174gydF4y2Ba, 156 - 171。e116（2018).

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  29. 莱西-赫尔伯特，A.等人。骨髓整合素缺失引起的溃疡性结肠炎和自身免疫。gydF4y2Ba国家科学院学报美国gydF4y2Ba104gydF4y2Ba， 15823-15828(2007)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  30. Paidassi, H.等人。整合素α的优先表达gydF4y2BaVgydF4y2BaβgydF4y2Ba8gydF4y2Ba促进小鼠CD103调节性T细胞的生成gydF4y2Ba+gydF4y2Ba树突细胞。gydF4y2Ba胃肠病学gydF4y2Ba141gydF4y2Ba， 1813-1820(2011)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  31. Travis, m.a.等。整合素α的丢失gydF4y2BaVgydF4y2BaβgydF4y2Ba8gydF4y2Ba树突状细胞引起小鼠自身免疫和结肠炎gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba449gydF4y2Ba， 361-365(2007)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  32. 加德纳，J. M.等。胸腺外aire表达细胞介导的缺失耐受。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba321gydF4y2Ba， 843-847(2008)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  33. αgydF4y2BaVgydF4y2BaβgydF4y2Ba8gydF4y2Ba依赖batf3的树突状细胞表达整合素促进早期IgA对轮状病毒的反应。gydF4y2Ba粘膜Immunol。gydF4y2Ba14gydF4y2Ba， 53-67(2021)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  34. 布朗，C. C.等。小鼠和人类树突状细胞异质性的转录基础。gydF4y2Ba细胞gydF4y2Ba179gydF4y2Ba, 846 - 863。e824（2019).

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  35. 巴尼特，L. G.等。B细胞抗原提呈在促滤泡辅助T细胞和生发中心分化过程中的作用。gydF4y2Baj . Immunol。gydF4y2Ba192gydF4y2Ba， 3607-3617(2014)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  36. 海普沃斯，m.r.等。先天淋巴细胞调节CD4gydF4y2Ba+gydF4y2Bat细胞对肠道共生细菌的反应。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba498gydF4y2Ba， 113-117(2013)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  37. 后藤，Y.等。肠树突状细胞呈递的节段丝状细菌抗原驱动黏膜Th17细胞分化。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba40gydF4y2Ba， 594-607(2014)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  38. 尹欣，陈胜，艾森巴特。树突状细胞对T辅助细胞的调节。gydF4y2Ba为基础。启Immunol。gydF4y2Ba39gydF4y2Ba， 759-790(2021)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  39. Eberl, G. & Littman, D. R.肠道αβ T细胞的胸腺起源通过RORγt命运定位揭示gydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba305gydF4y2Ba， 248-251(2004)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  40. 洛克纳等人。促炎IL-17的体内平衡gydF4y2Ba+gydF4y2Ba和调节IL-10gydF4y2Ba+gydF4y2BaFoxp3gydF4y2Ba+gydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞。gydF4y2Ba实验，医学。gydF4y2Ba205gydF4y2Ba， 1381-1393(2008)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  41. Kaplan, D. H.， Jenison, M. C.， Saeland, S.， Shlomchik, W. D. & Shlomchik, M. J.表皮朗格汉斯细胞缺陷小鼠出现增强的接触超敏反应。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba23gydF4y2Ba， 611-620(2005)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  42. 陶氏，L. E.等。条件反向Tet-transactivator小鼠菌株，用于有效诱导小鼠tre调控的转基因。gydF4y2Ba《公共科学图书馆•综合》gydF4y2Ba9gydF4y2Ba， e95236(2014)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  43. Metzger, t.c.等人。谱系追踪和细胞消融鉴定后air表达胸腺上皮细胞群。gydF4y2Ba细胞的代表。gydF4y2Ba5gydF4y2Ba， 166-179(2013)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  44. 斯托克修斯等人。单细胞中同时测定表位和转录组。gydF4y2BaNat方法。gydF4y2Ba14gydF4y2Ba， 865-868(2017)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  45. 斯托克修斯等人。用条形码抗体进行细胞哈希可以实现单细胞基因组学的多路复用和双态检测。gydF4y2Ba基因组医学杂志。gydF4y2Ba19gydF4y2Ba， 224(2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  46. van Buggenum, J. A.等。一种共价和可切割抗体- dna偶联策略，用于免疫pcr检测敏感蛋白。gydF4y2BaSci代表。gydF4y2Ba6gydF4y2Ba， 22675(2016)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  47. Hafemeister, C. & Satija, R.使用正则化负二项回归的单细胞RNA-seq数据归一化和方差稳定。gydF4y2Ba基因组医学杂志。gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba， 296(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  48. Hao, Y.等。多模态单细胞数据综合分析。gydF4y2Ba细胞gydF4y2Ba184gydF4y2Ba, 3573 - 3587。e3.529（2021).

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  49. Waltman, L.， & Nees, J. v. E.一种基于大规模模块化社区检测的智能局部移动算法。gydF4y2Ba欧元。理论物理。j·BgydF4y2Ba86gydF4y2Ba， 471(2013)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  50. Wolock, S. L.， Lopez, R. & Klein, A. M. Scrublet:单细胞转录组数据中细胞双序列的计算识别。gydF4y2Ba细胞系统。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba, 281 - 291。e289（2019).

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  51. 伍尔夫，范文杰，彭志强，彭志强。扫描扫描:大规模单细胞基因表达数据分析。gydF4y2Ba基因组医学杂志。gydF4y2Ba19gydF4y2Ba， 15(2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  52. Lopez, R.， Regier, J.， Cole, M. B.， Jordan, M. I. & Yosef, N.单细胞转录组的深度生成建模。gydF4y2BaNat方法。gydF4y2Ba15gydF4y2Ba， 1053-1058(2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

下载参考gydF4y2Ba

确认gydF4y2Ba

我们感谢利特曼实验室的成员J. J. Lafaille和S, Schwab对手稿的宝贵讨论和批判性阅读，以及G. Romero-Meza对实验的帮助;D. Sheppard建议并提供ADWA-11阻断抗体;S. Y. Kim和纽约大学啮齿动物基因工程实验室(RGEL)用于突变小鼠的再衍生;以及C. Loomis和NYULMC的实验病理研究实验室的肠道样本的组织学。显微镜核心和基因组技术核心部分由纽约大学癌症中心劳拉和艾萨克·波尔马特癌症中心的NIH/NCI P30CA016087支持，S10 RR023704-01A1和NIH S10 ODO019974-01A1支持。实验病理研究实验室由美国国立卫生研究院共享仪器拨款S10OD010584-01A1和S10OD018338-01支持。c.a.l.、A.T.S.和J.M.G.是IGVF UM1HG012076奖的获得者。这项工作得到了来自癌症研究所(R.K.)的欧文顿研究所奖学金和简·科芬儿童基金奖学金(K.R.M.)、国家研究机构(ANR-20-CE15-0015) (H.P.)、海伦和马丁·基梅尔生物和医学中心(D.R.L.)的支持;美国国家卫生研究院授予R01AI139540 (P.M.A.)和R01AI158687 (D.R.L.)以及霍华德休斯医学研究所(D.R.L.)。gydF4y2Ba

作者信息gydF4y2Ba

作者指出gydF4y2Ba

  1. 玛丽亚PokrovskiigydF4y2Ba

    现地址:Calico生命科学有限责任公司，南旧金山，加州，美国gydF4y2Ba

  2. 徐莫gydF4y2Ba

    现地址:中国北京国家生物科学研究所gydF4y2Ba

  3. Jhimmy托尔伯特gydF4y2Ba

    现地址:美国华盛顿州西雅图Fred Hutchinson癌症中心gydF4y2Ba

  4. 朱丽叶·m·巴特尔森gydF4y2Ba

    现地址:美国加州南旧金山联邦生物公司gydF4y2Ba

  5. 马龙StoeckiusgydF4y2Ba

    现地址:瑞典斯德哥尔摩10X基因组公司gydF4y2Ba

作者及隶属关系gydF4y2Ba

  1. 分子发病机制项目，纽约大学医学院Skirball研究所Kimmel生物和医学中心，纽约，纽约，美国gydF4y2Ba

    Ranit Kedmi, Tariq A. Najar, Kailin R. Mesa, Allyssa Grayson, Lina Kroehling, Maria Pokrovskii, Mo Xu, Jhimmy Talbot和Dan R. LittmangydF4y2Ba

  2. 霍华德·休斯医学研究所，美国纽约gydF4y2Ba

    艾丽莎·格雷森和丹·r·利特曼gydF4y2Ba

  3. 美国纽约大学基因组学与系统生物学中心gydF4y2Ba

    女士好gydF4y2Ba

  4. 纽约基因组中心，纽约，纽约，美国gydF4y2Ba

    女士好gydF4y2Ba

  5. 技术创新实验室，纽约基因组中心，纽约，纽约，美国gydF4y2Ba

    Stephanie Hao和Marlon StoeckiusgydF4y2Ba

  6. 美国加州大学旧金山分校糖尿病中心gydF4y2Ba

    王佳熙，乔·杰格罗，马克·s·安德森，詹姆斯·m·加德纳gydF4y2Ba

  7. 美国斯坦福大学病理学系gydF4y2Ba

    凯莱布·a·拉里奥和安苏曼·t·萨帕蒂gydF4y2Ba

  8. 帕克癌症免疫治疗研究所，斯坦福大学，斯坦福，CA，美国gydF4y2Ba

    凯莱布·a·拉里奥和安苏曼·t·萨帕蒂gydF4y2Ba

  9. 格莱斯顿ucsf基因组免疫研究所，旧金山，CA，美国gydF4y2Ba

    凯莱布·a·拉里奥和安苏曼·t·萨帕蒂gydF4y2Ba

  10. 美国宾夕法尼亚州费城，宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院医学系gydF4y2Ba

    特里·m·劳弗gydF4y2Ba

  11. 美国宾夕法尼亚州费城Michael Crescenz退伍军人管理局医疗中心医学部gydF4y2Ba

    特里·m·劳弗gydF4y2Ba

  12. 美国纽约，纽约，纽约，纽约大学医学院病理科gydF4y2Ba

    Iannis AifantisgydF4y2Ba

  13. 美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学医学院病理与免疫学系gydF4y2Ba

    朱丽叶·m·巴特尔森和保罗·m·艾伦gydF4y2Ba

  14. 国际传染病研究中心，Université de Lyon, INSERM U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS UMR5308, ENS de Lyon, Lyon，法国里昂gydF4y2Ba

    海伦娜PaidassigydF4y2Ba

  15. 美国加州大学旧金山分校外科gydF4y2Ba

    詹姆斯·m·加德纳gydF4y2Ba

作者gydF4y2Ba
  1. Ranit KedmigydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  2. Tariq A. NajargydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  3. 凯琳·r·梅萨gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  4. Allyssa格雷森gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  5. 莉娜KroehlinggydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  6. 女士好gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  7. 斯蒂芬妮·郝gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  8. 玛丽亚PokrovskiigydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  9. 徐莫gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  10. Jhimmy托尔伯特gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  11. Jiaxi王gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  12. 乔GerminogydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  13. 凯勒·a·拉里奥gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  14. Ansuman T.情感gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  15. 马克·s·安德森gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  16. 特里·m·劳弗gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  17. Iannis AifantisgydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  18. 朱丽叶·m·巴特尔森gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  19. 保罗·m·艾伦gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  20. 海伦娜PaidassigydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  21. 詹姆斯·m·加德纳gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  22. 马龙StoeckiusgydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  23. 丹·r·利特曼gydF4y2Ba
    查看作者出版物gydF4y2Ba

    您也可以在gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

贡献gydF4y2Ba

r.k.， T.A.N, K.R.M.和D.R.L.设计了这项研究并分析了数据。R.K.和T.A.N.在a.g.m.p.、M.X.和J.T.的协助下进行了小鼠基因实验，以启动这项研究。K.R.M.和R.K.进行了活体多光子显微镜检查。r.k.， S.H.和M.S.进行了CITE-seq研究。A.T.S.和C.A.L.执行scRNA-seq。r.k.， l.k.， Y.H.和J.M.G.进行了生物信息学分析。j.w.、M.S.A.和J.M.G.提供了生物样本、基因组学数据和实验支持。h.p.， t.m.l.， i.a.， J.M.B.和P.M.A.贡献了小鼠品系。惠普贡献了表型分析。R.K.和D.R.L.撰写了手稿，并听取了其他作者的意见。 D.R.L. supervised the research.

相应的作者gydF4y2Ba

对应到gydF4y2Ba丹·r·利特曼gydF4y2Ba．gydF4y2Ba

道德声明gydF4y2Ba

相互竞争的利益gydF4y2Ba

d.r.l是Chemocentryx, Vedanta, Immunai和Pfizer Pharmaceuticals的顾问和股权。所有其他作者声明没有竞争利益。gydF4y2Ba

同行评审gydF4y2Ba

同行评审信息gydF4y2Ba

自然gydF4y2Ba感谢匿名审稿人对本工作的同行评审所作的贡献。可以获得同行评审报告。gydF4y2Ba

额外的信息gydF4y2Ba

出版商的注意gydF4y2Ba施普林格自然对出版的地图和机构从属关系中的管辖权主张保持中立。gydF4y2Ba

扩展的数据图形和表格gydF4y2Ba

扩展数据图1 CD11c-Cre靶向细胞和hh特异性T细胞分化的后果。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba转Hh7-2 TCR基因的T细胞转移到结肠固有层后10天的表型gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(n = 3)和对照小鼠(n = 7)。gydF4y2BabgydF4y2Ba，宿主CD4表型gydF4y2Ba+gydF4y2Ba(a)小鼠T细胞;gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(n = 3)和对照小鼠(n = 10)。gydF4y2BacgydF4y2Ba， Hh7-2 T细胞的细胞因子谱见(a);gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(n = 4)和对照小鼠(n = 3)。gydF4y2BadgydF4y2Bahh特异性iTreg和Th17细胞在大鼠MLN中的增殖和分化gydF4y2BaCcr7gydF4y2Ba−gydF4y2Ba/gydF4y2Ba−gydF4y2Ba(n = 5)和同窝对照小鼠(n = 5)。cfse标记的Hh7-2 T细胞在过继转移到hh定植小鼠后3天进行分析。数据总结了两个独立的实验。gydF4y2BaegydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BafgydF4y2Ba，大肠中Hh7-2 T细胞的转录因子(e)和细胞内细胞因子(f)谱gydF4y2BaCcr7gydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(转录因子和细胞因子分别为n = 7或5)和同窝对照(n = 5)小鼠，在过继转移后10天。gydF4y2BaggydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba我gydF4y2Ba移入后3天，具有iTreg表型的Hh7-2在MLN中的比例gydF4y2BaBATF3gydF4y2Ba−gydF4y2Ba/gydF4y2Ba−gydF4y2Ba(g) (n = 7)gydF4y2BaIRF4gydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(h) (n = 6)，和gydF4y2BahuLangerin dta (CD207)gydF4y2Ba(i) (n = 12)只小鼠(红色)和指示的同窝对照(黑色)。数据总结了至少两个独立的实验。代表性的流动面板和汇总数据显示为每个分析。所有统计数据采用未配对双侧韦尔奇t检验计算。误差条表示平均值±s.d。gydF4y2BapgydF4y2Ba-values如图所示。gydF4y2Ba

扩展数据图2识别cite -seq分配的已排序聚类gydF4y2BatdTomato-ONgydF4y2BaCD11cgydF4y2Bafate-mapped细胞。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba，堆叠小提琴情节的选择(策展)和顶级DEG(数据驱动)的tdTomatogydF4y2Ba+gydF4y2Ba从hh定植小鼠的MLN中分选出来的细胞。gydF4y2BabgydF4y2Ba，为每个簇选择(策划)细胞表面标记的堆叠小提琴图。gydF4y2Ba

图3 ILC3和JC的表型区分。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba的CITE-seq分析获得的所示聚类的选定(策展)DEG和细胞表面标记的点图gydF4y2BatdTomato-ONgydF4y2BaCD11cgydF4y2Bafate-mapped细胞。gydF4y2BabgydF4y2Ba流式细胞术分析CXCR6、CD127(IL-7R)、CCR6 CD25和CD40在ILC3(红色)和JC(蓝色)上的表达，TCRβ预门控gydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba+gydF4y2Ba, MHCIIgydF4y2Ba+gydF4y2Ba．gydF4y2BacgydF4y2Ba如所示，使用细胞表面染色对JC进行门控策略。gydF4y2BadgydF4y2Ba，流式细胞术分析JC和DC标记，显示迁移性cDC被CD11c排除在外gydF4y2Ba低gydF4y2BaCCR6gydF4y2Ba+gydF4y2Ba选通。gydF4y2BaegydF4y2Ba在ILC3 (TCRβgydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2Ba, MHCIIgydF4y2Ba+gydF4y2BaCCR6gydF4y2Ba+gydF4y2Ba, Il7RgydF4y2Ba+gydF4y2Ba)和JC (TCRβ)gydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2Ba, MHCIIgydF4y2Ba+gydF4y2BaCCR6gydF4y2Ba+gydF4y2Ba, Il7RgydF4y2Ba−gydF4y2Ba)来自Hh-colonized的MLNgydF4y2BatdTomato-ONgydF4y2BaCD11cgydF4y2Ba原基分布图老鼠。gydF4y2Ba

扩展数据图4 RORγt抗原提呈gydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞是微生物群诱导iTreg细胞分化所必需的。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba， MHCII在RORγt中的表达gydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞(上)和DC(下)来自hh定殖的MLNgydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba小鼠(n = 6和5)和同窝对照组(n = 10和8)gydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞被门控为TCRβgydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba+gydF4y2Ba；DC被门控为TCRβgydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2Ba, CD90gydF4y2Ba−gydF4y2Ba, CD11cgydF4y2Ba高gydF4y2Ba．gydF4y2BabgydF4y2Ba，显示Hh7-2 T细胞中iTreg频率的柱状图，如图7-2 T细胞所示。gydF4y2Ba2 egydF4y2Ba．gydF4y2BacgydF4y2Ba-gydF4y2BadgydF4y2Ba，过继转移至hh定植22天后，结肠固有层中Hh7-2 T细胞分化(c)和细胞因子(d)分布的代表性点图gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔRORγtgydF4y2Ba还有垃圾控制。gydF4y2BaegydF4y2Ba，宿主CD4转录因子谱的代表性和聚合数据gydF4y2Ba+gydF4y2Ba小鼠结肠固有层中的T细胞见(c)和(d)。gydF4y2BafgydF4y2Ba， Hh7-2细胞在MLN中的增殖和分化gydF4y2BaH2-DMagydF4y2BaΔRORγtgydF4y2Ba（gydF4y2BaRORγt-Cre;H2-DmagydF4y2Ba/ fgydF4y2Ba) (n = 11)及同窝对照组(gydF4y2BaRORγt-Cre;H2-DMagydF4y2Ba+ / fgydF4y2Ba) (n = 5)在转移naïve Hh7-2标记的CFSE 3天后，从C1 MLN分离的细胞中评估细胞增殖和FoxP3。代表性流式细胞术(左)和来自多种动物的聚合数据(右)。数据总结了两个独立的实验。所有统计数据采用未配对双侧韦尔奇t检验计算。误差条表示平均值±s.d。gydF4y2BapgydF4y2Ba-values如图所示。gydF4y2Ba

图5 iTreg中CCR7与效应子Th17细胞分化及Aire分析的差异需求gydF4y2Ba+gydF4y2BaJC在hh特异性iTreg细胞分化中的作用。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba细胞表面CCR7的表达gydF4y2BaCD11c-CregydF4y2Ba命运定位ILC3 (TCRβ)gydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2Ba, MHCIIgydF4y2Ba+gydF4y2Ba, CCR6gydF4y2Ba+gydF4y2Ba, IL-7RgydF4y2Ba+gydF4y2Ba)和JC (TCRβ)gydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2Ba, MHCIIgydF4y2Ba+gydF4y2Ba, CCR6gydF4y2Ba+gydF4y2Ba, IL-7RgydF4y2Ba−gydF4y2Ba)在MLN。gydF4y2BabgydF4y2Ba-gydF4y2BacgydF4y2Ba， WT的MLN (b)和大肠(c)的DC计数分析gydF4y2BaCcr7gydF4y2BaΔRORγtgydF4y2Ba图所示的混合骨髓嵌合小鼠。gydF4y2Ba3 cgydF4y2Ba．骨髓来源DC亚群的MLN计数(b);CCR7频率gydF4y2Ba+gydF4y2Ba(c) (n = 4)。统计数据采用配对双侧t检验计算。gydF4y2BadgydF4y2BaILC3 (TCRβ)供体细胞内CD45.2频率分析gydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2Ba, MHCIIgydF4y2Ba+gydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba+gydF4y2Ba, IL-7RgydF4y2Ba+gydF4y2Ba)和JC (TCRβ)gydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2Ba, MHCIIgydF4y2Ba+gydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba+gydF4y2Ba, IL-7RgydF4y2Ba−gydF4y2Ba)在WT的MLN和gydF4y2BaCcr7gydF4y2BaΔRORγtgydF4y2Ba图所示的混合骨髓嵌合小鼠。gydF4y2Ba3 cgydF4y2Ba．gydF4y2BaegydF4y2Ba结肠ILC3细胞表面CCR7的表达(TCRβgydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2Ba, CD90gydF4y2Ba+gydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba+gydF4y2BaCD25gydF4y2Ba+gydF4y2Ba, CD4gydF4y2Ba+gydF4y2Ba)gydF4y2BaCcr7gydF4y2BaΔgydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba(n = 3)，gydF4y2BaCcr7gydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(n = 2)和对照hh定植小鼠(n = 2)。gydF4y2BafgydF4y2Bailc3门控MLN细胞中CCR7和CD11b的细胞表面表达(TCRβgydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2Ba, IL-7RgydF4y2Ba+gydF4y2Ba, CCR6gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD25gydF4y2Ba+gydF4y2Ba)gydF4y2BaCcr7gydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(n = 4)和对照hh定植小鼠(n = 4)。gydF4y2BaggydF4y2Ba用CD45.2的BM细胞重建致死性辐照小鼠gydF4y2BaAire-DTRgydF4y2Ba或CD45.2 WT小鼠。重建1个月后，给予小鼠Hh定植，1周后给予白喉毒素(DT, Sigma-Aldrich)连续3天(剂量为25 ng/g小鼠)。CD45.1/CD45.2 cfse标记的Hh7-2 T细胞(1 x 10gydF4y2Ba5gydF4y2Ba)在DT治疗的第一天静脉注射到小鼠体内。Foxp3增殖比例柱状图gydF4y2Ba+gydF4y2BaAire-DTR BM (n = 5)和WT BM (n = 4)重建小鼠MLN中的Hh7-2 T细胞(左);gydF4y2Ba亚耳河gydF4y2Ba使用RNAscope分析对治疗小鼠脾脏中的mRNA进行盲目评分。实验进行了一次。gydF4y2BahgydF4y2Bacfse标记的Hh7-2 T细胞在小鼠MLN中的增殖和分化gydF4y2BaRORγt-Cre;问卷调查gydF4y2Ba/ fgydF4y2Ba(n = 5)和对照gydF4y2Ba亚耳河gydF4y2Ba+ / fgydF4y2Ba收养转移后3天的同窝仔(n = 7)。数据总结了三个独立的实验。除b和c外，所有统计数据均采用未配对双侧韦尔奇t检验计算。误差条表示平均值±s.d。gydF4y2BapgydF4y2Ba-values如图所示。gydF4y2Ba

图6整合素α的作用gydF4y2BavgydF4y2BaβgydF4y2Ba8gydF4y2Ba封锁或αgydF4y2BavgydF4y2Ba对依赖微生物群的T细胞分化的失活。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba，整合素α的表达gydF4y2BavgydF4y2Ba(CD51)gydF4y2Ba+gydF4y2Ba来自野生型和MLN的细胞亚群gydF4y2BaItgavgydF4y2BaΔRORγtgydF4y2Ba老鼠。gydF4y2BabgydF4y2Ba， C1 MLN从gydF4y2BaItgavgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(n = 3)和同窝对照(n = 4)，在Hh定殖后10天。gydF4y2BacgydF4y2Ba-gydF4y2BadgydF4y2Ba，流式细胞仪检测转录因子和CCR6在过过性转移到MLN 3天后增殖cfse标记的Hh7-2gydF4y2BaItgavgydF4y2BaΔRORγtgydF4y2Ba(n = 3)和同窝对照小鼠(n = 3) (b)或进入ADWA11处理小鼠(n = 4)(如图所示。gydF4y2Ba4gydF4y2Ba)或未处理的对照窝仔(n = 4) (c)。(b)和(c)的结果汇总数据如下所示。gydF4y2BaegydF4y2BaPMA/ ionomycin刺激的结肠固有层Hh7-2 T细胞内IFNγ和T- bet的表达gydF4y2BaItgavgydF4y2BaΔRORγtgydF4y2Ba(n = 3)和对照窝仔(n = 5)，收养转移后10天。gydF4y2BafgydF4y2Ba，过继转移后3天，MLN中增殖Hh7-2的iTreg细胞的频率gydF4y2BaItgavgydF4y2BaΔCD4gydF4y2Ba(n = 4)和对照组(n = 7)。数据总结了两个独立的实验。gydF4y2BaggydF4y2Ba，整合素αgydF4y2BavgydF4y2Ba和MHCII细胞表面表达在ILC3(门控为TCRβgydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba+gydF4y2Ba, CD90gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD25gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD45.2gydF4y2Ba+gydF4y2Ba)从骨髓嵌合小鼠MLN中分离，按指示用不同组合的供体细胞重组，用Hh定殖10天。对照(n = 3)的数据总结如下:gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(n = 3)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba和WT (n = 4)，和gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba而且gydF4y2BaItgavgydF4y2BaΔRORγtgydF4y2Ba(n = 4)重组小鼠。所有统计数据采用未配对双侧韦尔奇t检验计算。误差条表示平均值±s.d。gydF4y2BapgydF4y2Ba-values如图所示。gydF4y2Ba

扩展数据图7gydF4y2BaItgav和Itgb8gydF4y2BaILC3和JC表达。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba， tSNE图与汇集GFP的scRNAseq的Leiden聚类gydF4y2Ba+gydF4y2Ba分类和未分类的细胞，如所示，来自Adig小鼠的池淋巴结gydF4y2Ba32gydF4y2Ba．gydF4y2BabgydF4y2Ba， tSNE特征图显示gydF4y2BaAire, Itgav和Itgb8gydF4y2Ba细胞簇的水平。gydF4y2BacgydF4y2Ba，合并数据集中Aire+ JC和ILC3种群的UMAP图，与相关特征图相对应。gydF4y2BadgydF4y2Ba， (c)中每个假体簇差异表达基因最多，由热图显示。gydF4y2BaegydF4y2Ba， JC和ILC3聚类中所选基因的点图。gydF4y2BafgydF4y2Ba-gydF4y2BaggydF4y2Ba， tdTomato的聚合结果(f)和代表性流式细胞术(g)gydF4y2Ba+gydF4y2BaJC和ILC3，按指示门控，在C1 MLN的gydF4y2BaItgb8-IRES-tdTomatogydF4y2Ba老鼠gydF4y2Ba33gydF4y2Ba(n = 4)和同窝对照(n = 4)。汇总数据(右)显示tdTomato+细胞占ILC3和JC总数的百分比，以及每只小鼠C1 MLN中报告阳性细胞的数量。我们进行了两个独立的实验，所示数据来自一个有代表性的实验。所有统计数据采用未配对双侧韦尔奇t检验计算。误差条表示平均值±s.d。gydF4y2BapgydF4y2Ba-values如图所示。gydF4y2Ba

图8 MLN中表达rr γ T的细胞分析和在MLN中启动期间对表达rr γ T细胞的活体追踪以及DC与hh特异性T细胞的相互作用。gydF4y2Ba

一个gydF4y2BaHh7-2在MLN中的增殖和分化gydF4y2BaCcr7gydF4y2BaΔzbtb46gydF4y2Ba(n = 4)和对照窝仔(n = 5)，在naïve细胞转移后3天。右边面板中的数据总结了三个独立的实验。gydF4y2BabgydF4y2Ba， UMAP可视化的CITE-seq数据集，从3个不同的分类种群(GFPgydF4y2Ba+gydF4y2Ba,绿色荧光蛋白gydF4y2Ba+gydF4y2BatdTomatogydF4y2Ba+gydF4y2Ba和tdTomatogydF4y2Ba+gydF4y2Ba)从C1 MLN中分离gydF4y2BaZbtb46-eGFP;tdTomato-ONgydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba小鼠(n = 2)，采用小波神经网络方法进行分析。gydF4y2BacgydF4y2Ba，流式细胞术分析命运定位的C1 MLN细胞gydF4y2BaRORγt-eGFP; mKate2-ONgydF4y2Bazbtb46gydF4y2Ba小鼠，针对指示的细胞亚群进行门控。gydF4y2BadgydF4y2Ba-gydF4y2BaegydF4y2Ba，特征图显示gydF4y2BaRorcgydF4y2Ba(d)和整合素αgydF4y2BavgydF4y2Ba(e)在(b)所示的CITE-seq分析中鉴定的细胞簇水平;阳性细胞在前面分层。gydF4y2BaggydF4y2Ba，流式细胞术分析命运定位的C1 MLN细胞gydF4y2BaRORγt-eGFP; mKate2-ONgydF4y2Bazbtb46gydF4y2Ba小鼠，为指示的细胞亚群(ILC3被门控为TCRβgydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2Ba, MHCIIgydF4y2Ba+gydF4y2Ba, RORγt-eGFPgydF4y2Ba+gydF4y2Ba, CCR6gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD25gydF4y2Ba+gydF4y2BaJC为TCRβgydF4y2Ba−gydF4y2Ba细胞受体),γδgydF4y2Ba−gydF4y2Ba, B220gydF4y2Ba−gydF4y2Ba, MHCIIgydF4y2Ba+gydF4y2Ba, RORγt-eGFPgydF4y2Ba+gydF4y2BaCD25gydF4y2Ba−gydF4y2Ba)．注意转录停止信号被不完全切除gydF4y2Bazbtb46-CregydF4y2Ba．gydF4y2BahgydF4y2Ba最近启动的hh特异性T细胞与DC和r γ T表达细胞的细胞-细胞相互作用的代表性图像。gydF4y2BaNur77-eGFPgydF4y2Ba示踪剂标记的Hh7-2 T细胞转移到细胞中gydF4y2BaRORγt-eGFP; mKate2-ONgydF4y2Bazbtb46gydF4y2BaHh-colonized老鼠。启动的Hh7-2细胞共定位(示踪染料gydF4y2Ba+gydF4y2Ba,绿色荧光蛋白gydF4y2Ba+gydF4y2Ba)或naïve Hh7-2(示踪染料gydF4y2Ba+gydF4y2Ba,绿色荧光蛋白gydF4y2Ba−gydF4y2Ba) T细胞与cDC (mKate2gydF4y2Ba+gydF4y2Ba树突状形态)，r γt表达细胞(eGFPgydF4y2Ba+gydF4y2Ba, mKate2gydF4y2Ba+gydF4y2Ba或eGFPgydF4y2Ba+gydF4y2Ba或者在转移后15小时，使用C1 MLN的活体多光子显微镜观察两者。注意，细胞示踪荧光标记提供了清晰的空间区分gydF4y2BaRORγt-eGFPgydF4y2Ba而且gydF4y2BaNur77-eGFPgydF4y2Ba表达的细胞。gydF4y2Ba我gydF4y2Ba， rr γ T表达细胞或cDC群体(右)与引物或naïve Hh7-2 T细胞相互作用的总体(左)和个体率的量化和图形表示。数据总结了6个0.25mm的细胞间相互作用gydF4y2Ba3.gydF4y2BaC1 MLN的三维区域，(n = 72总Hh7-2 T细胞)，(n = 49引物和23 naïve Hh7-2 T细胞)。所有统计数据采用未配对双侧韦尔奇t检验计算。误差条表示平均值±s.d。gydF4y2BapgydF4y2Ba-values如图所示。gydF4y2Ba

图9 MHCII在RORγt中的功能增益表达gydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞拯救骨髓来源的iTreg细胞分化。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba，显示供体衍生DC和RORγt上MHCII频率的汇总数据gydF4y2Ba+gydF4y2Ba用供体BM细胞组合重组嵌合小鼠的MLN和结肠固有层细胞，如图所示，具有代表性的流式细胞仪面板。gydF4y2Ba5 bgydF4y2Ba．MLN: WT (n = 5)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(n = 5)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba， WT (n = 8)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba而且gydF4y2BaMHCII-ONgydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba(n = 7)。冒号:WT (n = 4)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(n = 6)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba， WT (n = 8)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba而且gydF4y2BaMHCII-ONgydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba(n = 6)。gydF4y2BabgydF4y2Ba，供体骨髓来源的CD4gydF4y2Ba+gydF4y2Ba由BM细胞组合重组的嵌合小鼠结肠固有层的T细胞分化。代表性流程面板(左)和汇总数据(右)。WT (n = 10)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(n = 11)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba， WT (n = 8)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba而且gydF4y2BaMHCII-ONgydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba(n = 9)。冒号:WT (n = 4)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(n = 6)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba， WT (n = 8)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba而且gydF4y2BaMHCII-ONgydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba(n = 7)。gydF4y2BacgydF4y2Ba在移植幼稚TCR转基因T细胞12天后，用指示基因型细胞重建的hh定植骨髓嵌合小鼠结肠固有层中Hh7-2 T细胞分化的代表性流式细胞术(左)和汇总数据(右)。WT (n = 8)，gydF4y2BaMHCIIgydF4y2BaΔCD11cgydF4y2Ba(n = 7)，gydF4y2BaMHCII-ONgydF4y2BaCD11cgydF4y2Ba(n = 5)，和gydF4y2BaMHCII-ONgydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba(n = 4)。数据总结了两个或三个独立的实验。所有统计数据采用未配对双侧韦尔奇t检验计算。误差条表示平均值±s.d。gydF4y2Bap -gydF4y2Ba数值如图所示。gydF4y2Ba

图10 T细胞分化需要不同APC亚群的示意图。gydF4y2Ba

CCR7和整合素αgydF4y2BavgydF4y2BaβgydF4y2Ba8gydF4y2Bar γtgydF4y2Ba+gydF4y2Ba用于iTreg细胞分化的APCs。请注意，其他对CCR7表达有不同要求的APCs参与了致病Th17和Tfh细胞的启动和分化。gydF4y2Ba

补充信息gydF4y2Ba

权利和权限gydF4y2Ba

根据与作者或其他权利持有人签订的出版协议，自然或其许可方(例如，社会或其他合作伙伴)对本文拥有排他性权利;作者对这篇文章接受的手稿版本的自我存档仅受此类出版协议的条款和适用法律的约束。gydF4y2Ba

转载及权限gydF4y2Ba

关于本文gydF4y2Ba

通过CrossMark验证货币和真实性gydF4y2Ba

引用本文gydF4y2Ba

凯得米，R.，纳贾尔，t.a.，梅萨，K.R.gydF4y2Baet al。gydF4y2BaRORγtgydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞指示肠道微生物群特异性TgydF4y2Ba注册gydF4y2Ba细胞分化。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba610gydF4y2Ba， 737-743(2022)。https://doi.org/10.1038/s41586-022-05089-ygydF4y2Ba

下载引用gydF4y2Ba

  • 收到了gydF4y2Ba：gydF4y2Ba

  • 接受gydF4y2Ba：gydF4y2Ba

  • 发表gydF4y2Ba：gydF4y2Ba

  • 发行日期gydF4y2Ba：gydF4y2Ba

  • DOIgydF4y2Ba：gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1038/s41586-022-05089-ygydF4y2Ba

这篇文章被引用gydF4y2Ba

评论gydF4y2Ba

通过提交评论，您同意遵守我们的gydF4y2Ba条款gydF4y2Ba而且gydF4y2Ba社区指导原则gydF4y2Ba．如果您发现一些滥用或不符合我们的条款或指导方针，请标记为不适当。gydF4y2Ba

搜索gydF4y2Ba

高级搜索gydF4y2Ba

快速链接gydF4y2Ba

自然简报gydF4y2Ba

报名参加gydF4y2Ba自然简报gydF4y2Ba时事通讯-什么重要的科学，免费到您的收件箱每天。gydF4y2Ba

获取当天最重要的科学故事，免费在您的收件箱。gydF4y2Ba 注册《自然简报》gydF4y2Ba
Baidu
map