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鸟类骨骼进化多样性中的环境信号

摘要

描述进化速度和模式的变化如何构成现存物种的表型多样性是宏观进化的中心目标1,2,3..然而,研究通常仅限于少数几个特征4,5,6,提供不完整的资料。我们分析了现存鸟类的形态多样性,这是一个生态多样性的群体7,记录了从“泛骨骼”比例到单个骨骼局部三维形状变化的结构尺度。我们发现鸟类亚群之间和骨骼部分之间的进化模式存在巨大差异,这表明在地球主要环境中,宏观进化景观的结构存在广泛的镶嵌性和可能的差异。与水相连的类群,尤其是Aequorlitornithes(水鸟),反复探索了它们总形态空间的很大一部分,强调身体比例和靠近身体核心的骨骼形状的变化,这些变化在功能上与运动力学有关8.相比之下,陆鸟(Inopinaves)在K-Pg之后的早期进化出了独特的、群体特有的身体形态,随后强调了局部形状的变化,特别是在头部和远端肢体骨骼上,它们与环境的相互作用更直接。雀形目占所有鸟类物种的一半以上,它们表现出保守的进化动态,导致所有骨骼部分的差异很小。现存鸟类的一些骨骼部位,包括喙和联合骨骼形态,早期形成形态空间的证据是明确的。然而,与“生态位填充”模型更具体的预测相反,我们几乎没有发现形态空间早期划分的证据1,9.然而,广泛环境类型之间的早期分歧可能导致了进化模式的早期分歧,这表明环境差异在冠群鸟类辐射结构中起着重要作用。

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图1:Neornithes在多样化过程中骨骼形态和喙形的形态空间的早期建立。
图2:贯穿鸟类系统发育和时间的整个骨骼亚分支差异。
图3:使用MDI对鸟类骨骼空间早期划分的测试。
图4:如果所有鸟类都是在统一的布朗运动进化模型下进化,那么群体特定差异与预期差异的偏差。

数据可用性

原始地标坐标可以作为链接到本文的补充文件访问,并通过以下链接在OSF公共存储库中访问我们的项目:https://osf.io/wjk3m/.所有的三维网格都可以通过补充资料表中的Morphosource链接免费下载1

代码的可用性

自定义代码可以通过以下链接在OSF公共存储库中访问我们的项目:https://osf.io/wjk3m/

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下载参考

确认

对于获得标本,我们感谢J. White和J. Cooper (NHMUK), J. Hinshaw (UMMZ), M. Lowe和M. Brooke (UMZC), M. Carnall和E. Westwig (OUMNH), K. Zyskowski (YPM),和B. Marks和J. Bates (FMNH)。我们感谢K. Smithson(剑桥生物断层扫描中心)使用CT扫描设备;T. Davies, B. Moon和L. Martin-Silverstone(布里斯托尔大学);V. Fernandez(自然历史博物馆);A.尼安德和Z.-X。Luo(芝加哥大学古oct)和M. Friedman(密歇根大学)。我们感谢E. Griffiths, S. Wright, S. Poindexter, A. Wolniewicz和S. Evers从CT扫描数据中分割出数字骨骼模型。我们感谢A. Martin-Serra, J. L. Cantalapiedra, F. Blanco, M. Fabbri, I. Menéndez, S.M. Nebreda, J. Clavel, E.M. Steell, J. Marugán-Lobón和C. Navalón关于内容、叙述和分析方法的启发性讨论。我们感谢L. Balsa Pascual和Ó。萨尼西德罗讨论设计选择。 This work was supported by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme 2014–2018 under grant agreement no. 677774 (European Research Council Starting grant no. TEMPO). Grant no. 677774 applies to the work of G.N., A.B. and R.B.J.B. G.N. acknowledges support from UKRI Future Leaders Fellowship no. MR/S032177/1.

作者信息

作者及隶属关系

作者

贡献

G.N.和R.B.J.B.对研究进行了概念化,并设计了分析方法。g.n., a.b., E.G.和R.B.J.B.收集和整理数据。G.N.和R.B.J.B.进行了形式分析。G.N.和R.B.J.B.撰写了手稿。G.N.制作了这些数字。g.n., a.b., E.G.和R.B.J.B.编辑了文本。r。b。j。b。获得了用于这项研究的资金。

相应的作者

对应到吉尔勒莫Navalon罗杰·b·j·本森

道德声明

相互竞争的利益

作者声明没有利益竞争。

同行评审

同行评审信息

自然感谢加文·托马斯和其他匿名审稿人对这项工作的同行评审所做的贡献。同行评审报告是可用的。

额外的信息

出版商的注意施普林格自然对出版的地图和机构从属关系中的管辖权主张保持中立。

扩展的数据图形和表格

扩展数据图1显示本研究中使用的数据和方法管道的信息图。

在我们的研究中使用的材料和方法的详细说明可以在正文中找到。

扩展数据图2作为形态空间早期划分的检验,计算子分支随时间的差异的图表,显示了形态进化的理想化对比模式。

a)时间校准的系统发育示例和时间点(分支发生事件),其中b)为扩散进化的布朗模型和形态进化的两种替代模式计算子分支差异值。c)随着时间的推移,形态空间探索的两种理想形态进化模式的对应模式:早期的特征空间(形态空间)划分,其中形态进化在子枝水平上受到限制,以及未划分的模式,其中约束在整个群体和子枝内相似。

扩展数据图3 Aequorlithornithes、Inopinaves和Passeriformes中鸟类无异速生长形态的早期分配和个体元素局部形状变化的测试。

参见扩展数据图。2详细描述了与每一种随时间演变的差异模式相关联的理想化模式。

扩展数据图4如果所有鸟类都是在水基(Gruiformes, Anseriformes)和陆基(非陆基鸟类陆基Neoaves, Galliformes)鸟类的统一布朗运动进化模型下进化,则特定群体差异与预期差异的偏差。

箱形图总结了delta差异的分布,计算方法为经验差异减去三个目标支各200个模拟值的差异。展示了所有的分区和数据类型,即整个骨骼、三个主要骨骼区域和单个骨骼以及鸟类三个目标谱系中形态变异的四个不同方面。箭头突出显示谱系/分区/数据类型,显示特别高(向上指向箭头)或特别低(向下指向箭头)的值。值由四分位范围归一化。

扩展数据图5 Aequorlitornithes(水鸟)整个骨骼和身体区域的子分支差异图。

X轴表示子枝差异,y轴表示从现在开始数百万年的时间。实色线表示随时间变化的平均经验差异,虚线表示随时间变化的平均bm模拟差异,阴影多边形显示bm模拟数据随时间变化的95%百分位和5%百分位差异之间的空间。单个子分支差异的颜色代码(点)如图。2

图6陆地鸟类整个骨骼和身体区域的子分支差异图。

X轴表示子枝差异,y轴表示从现在开始数百万年的时间。实色线表示随时间变化的平均经验差异,虚线表示随时间变化的平均bm模拟差异,阴影多边形显示bm模拟数据随时间变化的95%百分位和5%百分位差异之间的空间。单个子分支差异的颜色代码(点)如图。2

扩展数据图7雀形目(雀形目)整个骨骼和身体区域的子分支差异年龄图。

X轴表示子枝差异,y轴表示从现在开始数百万年的时间。实色线表示随时间变化的平均经验差异,虚线表示随时间变化的平均bm模拟差异,阴影多边形显示bm模拟数据随时间变化的95%百分位和5%百分位差异之间的空间。单个子分支差异的颜色代码(点)如图。2

扩展数据图8 Aequorlitornithes(水鸟)的各个元素的子分支差异年龄图。

X轴表示子枝差异,y轴表示从现在开始数百万年的时间。实色线表示随时间变化的平均经验差异,虚线表示随时间变化的平均bm模拟差异,阴影多边形显示bm模拟数据随时间变化的95%百分位和5%百分位差异之间的空间。单个子分支差异的颜色代码(点)如图。2

扩展数据图9陆地鸟类(Inopinaves)个体元素的子分支差异年龄图。

X轴表示子枝差异,y轴表示从现在开始数百万年的时间。实色线表示随时间变化的平均经验差异,虚线表示随时间变化的平均bm模拟差异,阴影多边形显示bm模拟数据随时间变化的95%百分位和5%百分位差异之间的空间。单个子分支差异的颜色代码(点)如图。2

扩展数据图10雀形目(雀形目)各元素的子分支差异年龄图。

X轴表示子枝差异,y轴表示从现在开始数百万年的时间。实色线表示随时间变化的平均经验差异,虚线表示随时间变化的平均bm模拟差异,阴影多边形显示bm模拟数据随时间变化的95%百分位和5%百分位差异之间的空间。单个子分支差异的颜色代码(点)如图。2

补充信息

补充信息

此文件包含补充图1-37和参考文献。

报告总结

同行评审文件

补充表1

本研究中使用的标本清单。

补充表2

用于对单个元素进行比例归一化的方差分析表。

补充表3

用于计算每个空间轴上的最大距离的成对地标。

补充文件1

Bird_landmarks_Navalon_2022。本研究中使用的所有标本的原始地标坐标。

补充文件2

Read_bird_landmarks_Navalon_2022。R代码读取补充文件1中的原始地标坐标。

补充文件3

Bird_processed_landmarks_Navalon_2022。本研究中使用的所有标本均无异速生长和比例限制的地标坐标。

补充文件4

Read_bird_processed_landmarks_Navalon_2022。R代码读取补充文件3中的原始地标坐标。

补充文件5

本研究采用的是联合系统发育。

补充文件6

本研究中使用的自定义R函数。

补充文件7

本研究中使用的自定义R代码。

权利和权限

根据与作者或其他权利持有人签订的出版协议,《自然》杂志或其许可方对本文拥有独家权利;作者对这篇文章接受的手稿版本的自我存档仅受此类出版协议的条款和适用法律的约束。

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Navalón, G., Bjarnason, A., Griffiths, E.;et al。鸟类骨骼进化多样性中的环境信号。自然(2022)。https://doi.org/10.1038/s41586-022-05372-y

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