改善RNA-seq正常化

RNA序列(RNA-seq)是一种广泛使用的转录组分析的方法,但容易测序技术和生物的混杂因素如库大小、批处理效果和肿瘤癌症样品纯度。Molania等人提出一种改进的方法来纠正这些来源的变化根据他们的“消除不必要的变化三世”(RUV-III)方法被称为pseudo-replicates pseudo-samples (prp)。因为RUV-III需要技术复制,prp超越这个问题通过一个在硅片分析相对均匀的样品,可以用于正常完整的数据集。应用于大约11000样品分析癌症基因组图谱(TCGA),作者发现这改进的归一化法影响下游基因co-expression和生存分析的实体肿瘤。这些结果强调纠正不必要的变化是至关重要的,尽管困难,一步处理的转录组数据,研究人员经常TCGA重用等大型基因组项目生成的数据应该意识到技术的发展可能影响结论的分析。