通过整合单细胞rna测序和人类遗传学来识别疾病关键细胞类型和细胞过程 sc-linker是一个分析框架,它结合了全基因组关联研究汇总统计、表观基因组学和单细胞转录组学,以识别跨组织和状态的疾病关键细胞类型和细胞过程。 Karthik A. Jagadeesh Kushal K. Dey 特拉维夫Regev 文章 9月29日
增强子表达的群体水平差异确定了人类大脑中的疾病机制 人类大脑中基因和增强子表达的群体水平变异分析表征了基因增强子规则组和转录增强子在神经精神疾病中的调节机制。 Pengfei董 加布里埃尔·e·霍夫曼 帕诺斯·鲁索斯 文章 9月26日
动态,组织特异性和等位基因特异性调控元件的长期相位 纳米孔测序用于分析超过100 kb的DNA分子上的染色质可及性和DNA甲基化。的分相分析段H19 / IGF2基因座确定了在特定细胞环境下驱动双等位基因IGF2表达的灵长类特异性增强子。 巴塔利亚索菲亚 凯文董 布拉德利·伯恩斯坦 文章 2022年10月4日
人类癌症中染色体外DNA的进化动力学 染色体外DNA的随机分离有助于肿瘤内的异质性,促进人类肿瘤细胞对抗癌药物的快速适应。 约书亚·t·兰格 约翰·c·罗斯 保罗·s·米歇尔 文章 开放获取 2022年9月19日
破坏组织特异性调控元件的非编码变异HK1引起先天性高胰岛素血症 的内含子中改变保守区域的新生变异HK1通过干扰一种假定的细胞类型特异性调节元件的活性,引起先天性高胰岛素血症。 马修·n·韦克林 尼克·欧文斯 萨拉·e·弗拉纳根 信 11月4日2022
慢性淋巴细胞白血病的全基因组测序鉴定出具有不同生物学和临床特征的亚群 485例慢性淋巴细胞白血病患者的全基因组测序确定了疾病的编码和非编码驱动因素。基因组定义的亚群表现出不同的临床和生物学特征。 波林Robbe 凯特·e·里德特 安娜Schuh 文章 开放获取 11月4日2022
DNA序列和染色质修饰剂合作,在印迹控制区赋予表观遗传双稳定性 异位印迹控制区(ICRs)概括了小鼠胚胎干细胞内源性印迹位点的染色质状态。ATF7IP和ZMYM2调控ICRs的表观遗传记忆。 Stefan一部 尼娜Schmolka Tuncay Baubec 文章 开放获取 11月4日2022
多祖先全基因组关联分析确定类风湿关节炎的新遗传机制 多祖先全基因组关联分析确定了124个类风湿关节炎风险位点,其中34个是新发现的。基于多祖先数据的多基因风险评分显示,欧洲和东亚祖先人群的表现相当。 Kazuyoshi石垣岛 纱织Sakaue Soumya Raychaudhuri 文章 11月4日2022
成人肾类器官起源于CD24+细胞和代表了成人多囊肾病的先进模型 成人肾类器官或小管起源于CD24+上皮细胞。小管代表一个功能性肾小管,可以用来模拟常染色体显性多囊肾病和研究药物反应。 Yaoxian徐 Christoph Kuppe 拉斐尔Kramann 文章 10月27日2022
21,293个罕见变异和22个常见变异的综合多基因评分改善了基于血红蛋白A1C水平的糖尿病诊断 本研究提出了一种基于罕见变异构建复杂性状多基因评分的方法,并表明结合常见和罕见变异的多基因评分提高了基于血红蛋白A1C水平诊断2型糖尿病的准确性。 彼得Dornbos 瑞安·凯斯特 杰森Flannick 信 10月24日2022
破坏β细胞特异性基因沉默导致先天性高胰岛素血症 基因组测序和公开表观基因组数据分析使己糖激酶1非编码调控区域的致病变异得以识别(HK1先天性高胰岛素血症患者。这些变异导致了不恰当的HK1在胰腺β细胞内表达,导致胰岛素分泌增加和低血糖。 研究简报 11月4日2022
分析癌症中致癌的染色体外DNA 癌细胞经常在染色体外的DNA分子(染色体外DNA)上扩增癌基因。一种适用于分离染色体外DNA的技术,称为CRISPR-CATCH,可以分析其遗传和表观遗传组成,从而深入了解其起源、结构多样性和癌症中致癌基因激活的机制。 研究简报 2022年11月1日
现代玉米野生近缘的适应性变异在育种中具有潜在的应用价值 我们提出了一个高分辨率的基因组变异图,极大地扩展了玉米及其野生近缘种的序列信息玉蜀黍属属。的群体遗传学玉蜀黍属spp提供了大量玉米中没有的适应性等位基因,有可能通过重新引入遗传多样性来加速未来的育种。 研究简报 2022年10月28日
罕见和常见的自闭症风险变异集中在16p 自闭症的遗传风险因素包括罕见和常见的变异。一项研究表明,16p中罕见的拷贝数变异和导致自闭症风险的常见变异在功能上趋同,从而下调16p亚端粒区域一大组神经元表达基因的表达。 Hyejung赢得 Guillaume Huguet Sebastien Jacquemont 新闻及观点 10月27日2022
dynseq浏览器轨道以核苷酸分辨率显示上下文特定的功能 高通量实验平台已经彻底改变了生物序列(如DNA、RNA和蛋白质)的生化和功能特性。通过整理几种数据模式和使用直观可视化呈现的可定制轨迹,基因组浏览器可以对不同类型的基因组分析实验和衍生注释进行交互式和可解释的探索。然而,现有的基因组浏览器轨迹并不适合于高分辨率DNA序列特征的直观可视化,如转录因子基序。通常,调控DNA序列中的基序实例被可视化为基于bed的注释轨迹,它突出了基序实例的基因组坐标,但不暴露其特定序列。相反,基因组序列轨道需要与BED轨道交叉参考,以确定基序命中的序列。即便如此,关于基序实例的定量信息,如亲和力或保守性,以及与共识基序的基本分辨率差异,并不是立即明显的。这使得口译变得缓慢而富有挑战性。当同时分析几种细胞状态和/或分子读出(如ATAC-seq和ChIP-seq)时,这个问题变得更加复杂,因为富集区域(峰)的坐标和活性转录因子基序的集合在细胞状态中变化。 Surag Nair Arjun巴雷特 Anshul Kundaje 评论 10月14日2022
当临床基因组学研究结束时,支持未确诊的参与者 许多大型研究项目已经累计招募了数千名患者,他们患有一系列复杂的医学问题,但没有明确的遗传病因。然而,尚不清楚研究人员、机构和资助者应如何管理这些数据,以及在研究结束时与那些未确诊的参与者之间的关系。在这篇评论中,我们概述了目前与临床基因组学研究中研究后义务相关的文献,并讨论了当前指南在未确诊参与者研究中的应用。 梅根·c·哈雷 尤安·a·阿什利 霍莉·k·塔博尔 评论 2022年7月28日