形象完整性与标准

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与审稿一起提交的数字图像应经过最低限度的处理。为了发表,一定程度的图像处理是可以接受的(对于一些实验,领域和技术是不可避免的),但最终的图像必须正确地表示原始数据并符合社区标准。编辑可以使用软件筛选图像进行操作。

在同行评议过程中,编辑可要求未处理的数据文件用于稿件评价;如果要求提供这些数据,我们可能需要停止同行评审过程,直到问题得到令人满意的解决。我们也可能要求未处理的数据,以回应发表后可能出现的问题,发表的论文。缺乏未处理数据的可用性会使出版后问题的解决具有挑战性。我们建议在发布后保留未处理的数据和元数据文件,理想情况下永久归档数据。

所有发表在Nature Portfolio期刊上的生命科学论文都要求提交未处理的凝胶和western blots原始图像,并与最终接受的版本一起提交。这些未经处理的图像发表在补充资料中。

下面的指导方针旨在帮助准确地表示图像数据。作者还必须注意在数据采集过程中避免错误表述。请列出所有使用的图像采集工具和图像处理软件包,并在方法中记录关键的图像采集设置和处理操作。

  • 在不同时间或不同地点收集的图像不应组合成一张图像,除非说明所得到的图像是时间平均数据或延时序列的产物。如果并置图像是必要的,边界应在图中明确划分并在图例中描述。
  • 使用润色工具,如Photoshop中的克隆和修复工具,或任何故意模糊操作的功能,都是不可接受的。
  • 处理(例如改变亮度和对比度)只有在整个图像上同样应用,并且同样应用于控件时才合适。不应调整对比度使数据消失。过度的操作,例如以牺牲其他区域为代价来强调图像中的一个区域(例如,通过使用有偏见的阈值设置选择),是不合适的,因为强调相对于控制的实验数据也是不合适的。

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电泳凝胶和印迹

  • 强烈不鼓励在不同凝胶/印迹上的样品之间进行定量比较;如果这是不可避免的,图形图例必须说明样品来自同一实验或并行实验,凝胶/印迹是并行处理的。
  • 在凝胶中不相邻的重新排列的车道必须以划定车道之间边界的方式清楚地表示。车道的重新安排应在图例中予以说明。
  • 加载控制(如GAPDH, actin)必须在同一个印迹上运行。当样品处理控制在不同的凝胶上运行时,它们必须在图图例中进行标识。裁切后的凝胶在纸张上必须保留所有重要的条带。
  • 不建议使用高对比度的凝胶和印迹,因为过度曝光可能会掩盖额外的波段。
  • 作者应注意检查他们的手稿如下:(1)检查图形是否重复(2)检查通道拼接的印迹和凝胶(3)表明面板是样品处理还是加载控制(4)确保提供的未处理扫描与图形匹配。

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显微镜

  • 调整应该应用于整个图像。应避免操纵阈值,扩大或缩小信号范围,改变高信号。如果使用了“伪着色”和非线性调整(例如“gamma变化”),则必须披露。在“合并”图像上,有时需要调整单个颜色通道,但这应在图形图例中注明。
  • 来自多个字段的单元格应该被分组到一个字段中

我们鼓励将以下内容纳入最终修订版的手稿中以供出版:

  • 在方法中,请说明所使用的设备类型(显微镜/物镜、相机、探测器、滤光片型号和批号)和采集软件。虽然我们理解仪器之间存在一些差异,但关键测量的设备设置也应该列出。
  • 我们鼓励沉积原始图像文件(包括相关元数据,例如:采集信息,包括时间和空间分辨率数据(xyzt和像素尺寸);图像位深度;实验条件如温度和成像介质;和荧光染料(激发和发射波长或范围,滤波器,二色分束器,如果有的话)。
  • 应该提供显示查找表(LUT)以及LUT和位图之间的定量映射,特别是在使用彩虹伪彩色时。如果LUT是线性的,并且覆盖了数据的全部范围,就应该说明这一点。
  • 处理软件应在方法部分和相关图形图例中指出的任何操作(如反褶积类型、三维重建、表面和体绘制、“伽马变化”、滤波、阈值和投影)中命名。

作者应说明获取图像时的测量分辨率以及任何增强图像分辨率的下游处理或平均。

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Nature Portfolio期刊的社论

  • 所有科学家都应该花时间了解他们用来收集、分析和显示数据的软件包,并与新的研究人员分享这些知识。自然纳米技术形象是非曲直2007年9月。
  • 为了应对最近的图片篡改事件,Nature Portfolio系列期刊现在正在从随机选择的论文中“抽查”图片。免疫学性质。抽查,2007年3月。
  • Nature Portfolio期刊准备了新的指导方针,试图澄清在准备出版图像时可接受的边界。自然方法一幅图胜过千言万语(解释),二零零六年四月。
  • 可接受的图像表示准则。自然细胞生物学欣赏数据:瑕疵、皱纹等等,2006年3月。
  • 在已发表的研究中,数据美化是不可接受的。自然细胞生物学美化和欺骗,2006年2月。
  • 大自然的关于数字图像的新指导方针鼓励公开数据处理方式。自然画面并不完美, 2006年2月23日
  • 什么构成数据显示的最佳实践?自然细胞生物学凝胶切片和切丁:灾难的配方,2004年4月。

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