一只雌性苏门答腊猩猩抱着她的雌性宝宝的特写

一篇报道了首个猩猩基因组的里程碑式论文中的错误可能会对育种计划产生影响。图片来源:Fiona Rogers/Nature Picture Library

苏门答腊猩猩苏茜是基因方面的先驱——她是同类中第一个完成基因组测序的猩猩。她的基因库和其他10只猩猩的基因库，出现在了一篇具有里程碑意义的论文中自然2011年1这为随后的数百项研究提供了基础。

但在8月份，研究人员透露，这篇论文中的8个序列被错误地分配给了错误的猩猩2．自然发表了原论文作者的更正3.．

这些错误的规模在社交媒体上引发了愤怒，一些科学家警告说，这些错误可能会对猩猩的繁殖计划产生影响。“嗯，这有点像猩猩基因组研究人员——只是稍微让男孩和女孩感到尴尬。”在推特上Michael Sweet是英国德比大学的分子生态学家。

目前尚不清楚这些身份互换如何影响猩猩研究。但是参与这项新分析的研究人员认为，这一发现可能会突出科学界的问题——包括发表论文的压力和依赖同行评议来发现错误——可能会让这些错误溜进科学记录。

“我认为在许多发表的论文中都存在这样的错误，”格雷厄姆·巴内斯(Graham Banes)说，他曾是威斯康星大学麦迪逊分校(University of Wisconsin-Madison)的进化生物学家，领导了对2011年论文的重新分析。“在某些方面，我们很幸运，这只是猩猩。如果这是一篇生物医学论文，人们根据已发表的数据开发治疗方法呢?”

“这些事情很容易发生，”罗伯特·富尔顿补充说，他是密苏里州圣路易斯华盛顿大学医学院的基因组科学家，他是原始论文背后的团队成员，也是重新分析的合著者。“重要的是现在的数据是正确的。”领导2011年论文准备工作的德文·洛克(Devin Locke)曾是富尔顿在华盛顿大学(Washington University)的同事，他没有回应有关这项工作的问题。

混合头痛

详细的“参考”基因组，如2011年发表的那些自然纸，是生物学家的重要工具。2017年，巴内斯和他的团队利用基因组研究不同物种的猩猩杂交时会发生什么，这一过程被称为杂交。

他们注意到，一些样本的名字与动物报告的性别不符。例如，2011年的那篇论文报道了一只名为多莉的猩猩是雄性。但是根据猩猩名册——动物园里猩猩的记录——多莉是雌性。更奇怪的是，巴内斯发现一些标记为男性的基因组缺少Y染色体。他回忆道:“有一系列的事情都说不通。

巴内斯和他的同事们最终发现，2011年的那篇论文错误地识别了猩猩的基因组，只有两个除外。有些错误似乎是由于打字错误造成的。在一个案例中，一只雄性猩猩的样本被赋予了一个身份证号码，这个号码实际上与组织库中一只非洲猪的样本相对应。其他样本似乎在实验室工作期间交换了身份。2011年的研究帮助确定了婆罗洲猩猩和苏门答腊猩猩何时分裂成不同的物种，并将它们的基因组与其他灵长类动物的基因组进行了比较。这些结论在很大程度上没有受到混乱的影响。但巴内斯说，这些错误可能会对其他研究产生影响，包括他自己的研究。

巴内斯利用基因数据为动物园提供圈养繁殖计划的建议。巴内斯说，动物园尽量避免将猩猩物种杂交，部分原因是为了模仿野生种群，另一个原因是杂交猩猩流产和出生缺陷的几率很高。在重新检查2011年论文中的样本时，研究小组意识到其中一个序列被认为是苏门答腊(彭哥abelii)实际上是Tapanuli (彭哥tapanuliensis)，这是2017年才被描述的第三种猩猩4．

不幸的是，2011年的论文错误地将Tapanuli基因组分配给了一只雄性猩猩Baldy，而不是它的真正主人，一只名叫Bubbles的雌性猩猩(两者现在都死了)。巴内斯说，他的团队差点在一篇论文中宣布巴尔迪就是塔帕努里。

虽然秃头没有活着的后代，但泡泡在世界各地的动物园里有几个后代，它们都是苏门答腊和塔巴努里的杂交后代。英国牛津布鲁克斯大学的人类学家Vincent Nijman说，动物园管理员现在必须决定是否停止繁殖泡泡的后代，以避免进一步的杂交。

“大问题”

然而，Nijman也认为，这些错误对猩猩的整体保护几乎没有影响。动物园经常把它们的动物标榜为濒危物种的后备，但自然资源保护主义者更关注的是成千上万的野生猩猩，它们受到森林砍伐的威胁。“我认为我们更担心的不是一些混淆的样本，”位于文莱斯里巴加湾市(Bandar Seri Begawan)的保护咨询公司婆罗洲期货(Borneo Futures)的保护科学家埃里克·梅加德(Erik Meijaard)说。

瑞士苏黎世大学的进化遗传学家Michael kr tzen也认为，尽管这些错误“令人讨厌”，但它们对下游研究的影响可能微乎其微。然而，他说，这些问题可能是学术界“要么发表要么灭亡”的环境如何导致“草率”工作的一个例子，因为研究人员竞相在高级期刊上发表他们的研究成果。

Banes也认为，这种压力——再加上对同行评议系统的过度依赖，而这种系统并没有为志愿审稿人提供切实的经济或专业利益——可能会导致错误出现在已发表的手稿中。

一位发言人自然他以保密为由，拒绝评论为何2011年那篇论文中的错误没有被同行评议发现。（自然他们在一封电子邮件中写道:“然而，我们想强调的是，我们非常重视维护科学记录准确性的责任。”“如果有人对我们发表的任何论文提出质疑，我们将仔细研究，并在适当的时候更新文献。”

巴内斯说，重要的是不要因为这样的错误而责备个别科学家，尤其是因为这可能会阻碍未来纠正错误的努力。“我认为任何科学家都可能犯这些错误，”他说。“但如果我们都跳出来说，‘天哪，他们怎么这么蠢?’，没有人会纠正任何事情。这种耻辱对科学是有害的。”