检测非编码基因组中的罕见变异关联是具有挑战性的。我们提出了一个可扩展,灵活和精简的生物库全基因组测序数据的罕见变异关联分析框架,包括基因中心和非基因中心分析,通过结合使用各种编码和非编码单元的多变体功能注释,条件分析,结果总结和可视化。
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参考文献
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王琪,等。281104个英国生物银行外显子组中罕见变异对人类疾病的贡献。自然597, 527-532(2021)。本文分析了英国生物银行队列中与18780个性状相关的罕见蛋白质编码遗传变异。
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李,x,等。多个硅功能注释的动态整合使大规模全基因组测序研究的罕见变异关联分析成为可能。Nat,麝猫。52, 969-983(2020)。本文描述了一个功能强大的稀有变量关联测试,该测试包含多个功能注释。
额外的信息
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这是一个总结:李震,等。一个检测大规模全基因组测序研究中非编码罕见变异关联的框架。Nat方法。https://doi.org/10.1038/s41592-022-01640-x(2022)
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STAARpipeline:用于生物库规模全基因组测序数据的一体化罕见变异工具。Nat方法(2022)。https://doi.org/10.1038/s41592-022-01641-w
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DOI:https://doi.org/10.1038/s41592-022-01641-w