癌症在自然

前列腺基质细胞可促进前列腺肿瘤的发生。在这里，作者证明了gli1系间质细胞中雄激素受体信号的丢失减少了小鼠模型中前列腺上皮致癌转化和肿瘤生长，这是由于胰岛素样生长因子结合蛋白3介导的抑制IGF1和Wnt/β-catenin信号激活。

叉头盒转录因子FOXQ1被报道促进上皮间质转化(EMT)和癌症转移。在这里，作者展示了FOXQ1招募KMT2/MLL组蛋白甲基转移酶复合物作为一种转录辅助激活因子来激活乳腺癌中的EMT程序。

自体肿瘤细胞疫苗可引起抗肿瘤免疫反应。在这里，作者报道了负载阿霉素和酪氨酸激酶抑制剂阿帕替尼的树突状聚合物纳米颗粒的设计，可诱导免疫原性细胞死亡和原位产生免疫刺激微米大小的囊泡，促进临床前模型的抗肿瘤免疫反应。

DNA甲基化和基因表达之间的联系在大规模上还不清楚。在这里，作者证明内含子中的MIR逆转录转座子可以在表观遗传修饰物突变的急性髓系白血病中发挥这种作用。

癌症相关的成纤维细胞通过来自癌细胞的信号在转录上重新连接，从而形成异质群体。在这里，作者证明了胰腺癌细胞中BRCA功能的丧失会导致hsf1依赖性的免疫调节聚类蛋白阳性肿瘤相关成纤维细胞的积累。

IL-2细胞因子治疗通过将设计的模拟物一分为二用于肿瘤靶向而变得更加安全。

单细胞RNA-seq数据在考虑肿瘤内异质性的同时，提供了预测癌症药物反应的机会。在这里，作者开发了一个深度转移学习框架- scDEAL -通过整合单细胞和大块RNA-seq数据来预测癌症中的单细胞药物反应。

原发性肝癌的分子异质性仍有待研究。在这里，作者对259例原发性肝癌组织进行了多组学分析，并确定了三种不同的分子亚型。

在黑色素瘤患者中，RAS/丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)通路活性的增加是导致化疗耐药的主要原因。在这里，作者确定CDK12是RAS/MAPK通路的下游效应子和治疗靶点，通过增加DNA修复相关基因的表达介导化疗耐药。

转移性前列腺癌很难进行活检和定性。在这里，作者使用细胞游离DNA甲基化分析来说明转移性疾病中高甲基化的变化。

胶质母细胞瘤患者对免疫检查点阻断(ICB)的反应有限。在这里，作者表明钙调素依赖性激酶2 (CaMKK2)在肿瘤相关的巨噬细胞和神经元中表达，并与胶质母细胞瘤临床前模型中对ICB的耐药性有关。

据报道，ESRP1可调节上皮-间质转化中某些基因的选择性剪接。在这里，作者表明LRRFIP2是ESRP1的一个靶点，而LRRFIP2的两个剪接变体在胃癌转移中具有相反的功能

ad - sigg - hmuc1 /ecdCD40L是一种重组腺病毒疫苗，由人MUC1抗原融合到CD40配体的细胞外区域。在这里，作者报道了Ad-sig-hMUC1/ecdCD40L在晚期腺癌患者中的I期临床试验结果。

Yofe等人证实，在抗ctla -4阻断后早期的FcγR接合诱导了先天免疫的快速重塑和I型干扰素信号的激活，这对成功的抗ctla -4治疗至关重要。

DNAJB1-PRKACA融合转录本是纤维层状肝细胞癌的致癌驱动因子，纤维层状肝细胞癌是一种治疗选择有限的致命疾病。在这里，作者确定了DNAJB1-PRKACA蛋白作为免疫原性新表位的来源和T细胞基础免疫治疗的潜在靶点。

免疫治疗对胰腺癌的抗肿瘤反应差是有效控制疾病的主要障碍。在本研究中，我们发现胰腺癌过表达血管活性肠肽，其信号通路的药理抑制显著增强了胰腺导管腺癌对免疫检查点治疗的反应性，从而提高了小鼠模型的总生存率。

Netie，一个层次贝叶斯模型来推断肿瘤进展过程中的新抗原进化和免疫选择压力。

Velcrins通过诱导PDE3A和SLFN12之间形成复合物，上调SLFN12 RNase活性来杀死癌细胞。激活的SLFN12特异性地分裂tRNA^低浓缩铀(TAA)，导致蛋白质合成的全局抑制。

癌细胞和巨噬细胞可以渗透并重塑细胞外基质。在本研究中，通过使用原生基底膜-间质基质外植体作为模型和活细胞共聚焦成像，作者揭示了癌细胞和巨噬细胞穿透原生基底膜屏障的不同机制。

单细胞全基因组测序显示，“前景”细胞间结构变异和拷贝数的改变与三阴性乳腺癌和高级别浆液性卵巢癌的基因组多样性和进化相关。

染色体不稳定性是高级别浆液性卵巢癌患者分层和靶向药物开发的主要挑战。在这里，我们表明在频繁扩增的癌症基因中克隆体细胞拷贝数的改变可以为精确医学的治疗提供信息。

一项研究通过单个腺体和邻近正常组织的空间多组学分析，以单克隆分辨率绘制原发性结直肠腺瘤和癌症的遗传和表观遗传异质性。

在结直肠癌中，瘤内遗传祖先很少影响基因表达特征和亚克隆进化，大多数瘤内遗传变异没有检测到表型后果，而转录可塑性在肿瘤内广泛存在。

对急性髓系白血病染色质结构的广泛基因组分析揭示了几个特征，包括亚型特异性的远端增强子和沉默子，这可能是新的抗癌治疗靶点。

可切除的临床III期或IV期低转移性黑色素瘤患者给予新辅助的瑞替利单抗和尼伏单抗联合免疫治疗，其病理完全缓解率较高，表明该方案的有效性和安全性。

自噬通常与癌症治疗的耐药性有关，自噬抑制剂已在癌症中被探索。在这里，作者研究了自噬特征及其与癌症药物反应的关系，发现自噬诱导实际上可以使癌细胞对治疗敏感。

METTL3催化mRNA m⁶沉积。作者确定了乙酰化介导的METTL3亚细胞定位和间室特异性功能调控，该过程由抗炎和促炎信号微调，最终决定了乳腺癌转移。

神经内分泌肿瘤(NENs)可以发生在几乎任何器官，范围从惰性神经内分泌肿瘤(NETs)到快速进展和致命的神经内分泌癌(NECs)，历史上一直根据其特定的起源组织以隔离的方式处理。然而，不同起源位点的NETs和NECs往往具有相同的基因组和表型特征。在这篇综述中，作者讨论了NENs的临床和生物学共性以及关键的器官特异性差异，重点讨论了胃肠系统和肺的差异。此外，他们主张对这些罕见肿瘤的药物开发采用跨领域的、组织不确定的方法，这可能使一种疾病的进展加速其他疾病的研究，最终改善患者的护理。

由于一些限制，包括免疫系统的消除和缺乏肿瘤特异性，系统管理合成纳米颗粒用于有限的癌症适应症。在这篇综述中，作者描述了细胞纳米颗粒(包括合成核心周围的细胞膜涂层)克服这些问题的潜力，以及它们在给药、光治疗和免疫治疗中的应用。

FLASH放射治疗包括提供超高剂量率的辐射，这可以在降低周围组织毒性的同时持续控制肿瘤。该观点的作者描述了FLASH放射治疗的基本原理，提出了来自临床前研究的可用证据，测试这种模式，并讨论了其在常规临床实践中的应用挑战。

胆囊癌是胆道最常见的癌症，通常预后很差。Roa和他的同事们的这本入门书总结了胆囊癌的流行病学、发病机制、诊断和治疗，并讨论了患者的生活质量和该疾病的开放研究问题。

三维生物打印癌症模型可能彻底改变对癌症的认识和治疗。Neufeld, Yeini和Pozzi讨论了这样的模型如何揭示新的生物标志物和药物靶点，阐明肿瘤发生的机制和肿瘤、基质细胞和免疫细胞之间的相互作用，并推进个性化癌症治疗。

本观点通过强调我们对癌症和健康组织中APOBEC3生物学的理解上的差距以及解决这些问题的策略，阐述了下一步的研究预测，即抑制APOBEC3介导的突变可能限制多种癌症类型的肿瘤异质性、转移和耐药性。

导管原位癌(DCIS)描述的是乳导管中的异常细胞。DCIS通常是非侵入性的，尽管有一小部分病例离开导管发展为侵入性乳腺癌。这篇综述讨论了区分进展性DCIS和非进展性DCIS的现有数据，重点是为当前的疾病管理策略提供信息。

对早期疾病的全身治疗已经在临床试验中进行了几十年的试验。这篇综述的作者概述了从前基因组时代到后基因组时代(新)辅助试验的演变，重点关注设计、终点和生物标志物，这些可以使提供更个性化的治疗成为可能。

肠道菌群已被证明调节对各种癌症疗法的反应，涉及的微生物种类及其潜在机制已开始被揭示。从这个角度来看，费尔南德斯和他的同事们展示了这一证据，然后概述了如何利用它来开发基于微生物的癌症患者治疗方法。

在这个观点中，作者概述了三个基因的作用，叫做PBRM1，SETD2而且BAP1在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者中，染色体3p缺失通常导致其丢失。作者讨论了这些基因在癌症相关途径中的意义，以及如何提高对这些机制的理解可能有助于开发潜在的ccRCC新疗法。

Kao等人讨论了癌细胞和免疫细胞之间的代谢串扰，以及这如何影响免疫监测和抗肿瘤免疫反应。

无论是单独还是联合，化疗仍然是大多数人类恶性肿瘤的主要治疗方法。这种治疗方式与化疗相关不良事件(CAAEs)的高负担相关，由于其较高的发病率、死亡率和成本，极大地影响了患者。Kuderer等人讨论了最常见的急性caae的病理生理学、管理和危险因素，主要影响生存、生活质量、功能和/或最佳治疗的延续。

T细胞是免疫疗法的关键效应器，它彻底改变了癌症的治疗;然而，长期接触肿瘤相关抗原会导致T细胞效应功能和自我更新能力的渐进性丧失，这种状态被称为“T细胞衰竭”，被认为会限制免疫治疗的效果。这篇综述综合了新的免疫生物学见解，提出了一个更微妙的观点，除了T细胞衰竭是完全不需要的，并指出这种功能低下状态可能是一个反映，因为它是肿瘤控制不良的原因。因此，作者描述了在某些情况下，中断该项目如何损害T细胞持久性，并讨论了缓解T细胞衰竭发展的干预措施，这可能最终改善临床结果。

肿瘤抑制基因TP53在癌症中经常发生突变，几十年来人们一直在寻求恢复肿瘤中p53功能的治疗策略，但都没有成功。这篇综述讨论了近年来出现的基于p53的有前途的治疗方法。

在大多数肿瘤类型的患者中，血清乳酸脱氢酶(LDH)水平高通常与较差的预后有关。LDH也被认为具有免疫抑制和/或肿瘤促进作用，这表明这种酶在临床肿瘤学中具有潜在的更广泛的作用。在这篇综述中，作者全面概述了LDH在癌症生物学和肿瘤学中的当前作用，并强调了未来可能的研究兴趣领域，包括针对LDH的新疗法的开发。

小圆细胞肉瘤是一组骨和软组织的侵袭性肿瘤，由特定的基因改变和融合引起，通常涉及EWSR1，BCOR或中投公司．本Primer综述了这些实体的流行病学、发病机制、诊断和管理，以及肿瘤及其治疗对生活质量的影响。

癌细胞经常放大染色体外DNA分子上的致癌基因——染色体外DNA。一种用于染色体外DNA分离的技术，称为CRISPR-CATCH，能够分析其遗传和表观遗传组成，这为了解其起源、结构多样性和癌症中致癌基因激活的机制提供了见解。

PSA动态和常规成像方法目前用于评估放射治疗后前列腺癌的生化复发是不够的，特别是考虑到有不同的挽救方案可用。前列腺特异性膜抗原正电子发射断层成像(PSMA-PET)是一种新的成像方法，在前列腺癌分期方面比传统成像更准确，并可在检测放射治疗后疾病复发方面发挥作用。

在手术切除一种叫做黑素瘤的癌症之前，使用relatlimumab和nivolumab两种药物治疗，57%的患者肿瘤无法存活，没有观察到严重的不良反应。有良好治疗反应的患者比那些没有反应的患者有更好的生存结局。

如果没有庞大的登记系统将零散的记录联系起来，防治世界上最大的杀手之一疟疾的进展将会停滞不前。

KRAS蛋白在许多癌症中都发生了突变，被认为是“不可治愈的”。现在，科学家们希望用一批针对它的新化合物来拯救生命。

雄激素剥夺疗法增加心血管疾病发病率和死亡率，这是前列腺癌患者非癌症相关死亡的最常见原因。睾酮抑制模式是否会影响心血管不良事件的风险尚不清楚，特别是由于2021年宣布的试验提前终止，该试验旨在比较促性腺激素释放激素(GnRH)拮抗剂和GnRH激动剂的心血管风险。

微生物-宿主相互作用的研究揭示了宿主组织和肠道菌群之间的代谢相互串扰。肝脏谷氨酰胺合成酶通过代谢细菌物质和产生具有有趣临床潜力的分子参与了这种相互作用。

一项新的研究表明，肿瘤内补体级联的激活可能对具有强EGFR信号的肺癌患者具有治疗潜力。egfr触发的CD55和CD59的表达可阻止肿瘤细胞的调理，抑制抗肿瘤免疫，并对免疫检查点抑制剂产生耐药性。

高肿瘤突变负担(每兆酶≥10个突变)是pembrolizumab用于难治晚期实体肿瘤的组织学不可知批准的伴生生物标志物，并继续作为非小细胞肺癌免疫检查点抑制剂的探索性预测生物标志物。在此，我们讨论了第一期III期试验的最新结果，该试验评估了未治疗的晚期非小细胞肺癌患者的血液肿瘤突变负担。

在肿瘤中，癌细胞可以通过代谢酶的非典型“兼职”功能的差异调节来克服能量压力。一项研究表明，代谢磷酸酶果糖-1,6-双磷酸酶1 (FBP1)可以作为核蛋白磷酸酶，并揭示了这一过程是如何在癌细胞中被抑制的。

talazoparib和其他PARP抑制剂的疗效主要报道在种系BRCA突变携带者。新的结果建立了种系突变PALB2，但在其他同源重组(HR)基因中没有，作为乳腺癌PARP抑制剂的靶点，而HR信号的附加预测价值尚不确定。

多光谱大规模单细胞分辨率3D成像可在一次采集中捕获多达8个荧光团。该协议使可视化和探索大的完整组织体积。

细菌球形共培养允许细菌在肿瘤球形坏死的缺氧核心中长期生长。这使得细菌-肿瘤相互作用的研究和工程微生物疗法的快速发展成为可能。

本协议详细介绍了基于细菌膜材料的两种纳米载体的构建及其在疫苗传递中用于制造癌症纳米疫苗的应用。

作者描述了一种在小鼠皮肤下生长小鼠或人源性肿瘤的方案，这被广泛称为小鼠皮下肿瘤模型。

［⁶⁸Ga- psma -11最近已被美国食品和药物管理局批准作为一种用于前列腺癌PET成像的放射性药物。为了满足对这种示踪剂更高的需求，其合成程序使用了发电机洗脱和回旋加速器生产⁶⁸Ga。

Gorris等人提出了稀土掺杂光子上转换纳米颗粒的合成、生物功能化和纯化，并描述了它们在血液生物标志物敏感检测免疫分析和癌细胞生物成像中的应用。

本协议扩展讨论了几种体外分析哺乳动物细胞克隆生长的方法，使用模块化框架来促进各种格式的使用，以充分优化克隆生长。

从局部晚期乳腺癌患者中获得的定量MRI数据被用于校准生物物理、反应扩散数学模型，以预测个体患者对新辅助治疗的反应。

肿瘤生长增殖失调与代谢变化有关。该方案评估了完整肿瘤的代谢，使用稳定的同位素标记营养素，通过注射和持续输注小鼠和人。

该方案描述了如何将无机金属纳米颗粒、药物或放射性同位素装载到由重链铁蛋白组成的空心纳米笼中。所得到的制剂具有内在的肿瘤靶向能力，但在体内缺乏免疫原性。

该协议描述了如何从小鼠血液或组织中快速分离特定的细胞类型，用于质谱代谢组学。小鼠被注入同位素标记化合物，细胞被抗体包覆磁珠分离。

该协议描述了通过索引进行联合检测，这是一种高度复用成像技术，使用dna偶联抗体对福尔马林固定、石蜡包埋和新鲜冷冻组织中的多达60个标记进行成像。

虽然基因组的不稳定性是癌症的一个特征，但人们对其基因脆弱性的了解仍然很少。确定利用基因组不稳定性来选择性靶向癌细胞的策略是癌症生物学的一个核心挑战，对抗癌药物的开发具有重要意义。

该协议描述了处理和分析环丁烷嘧啶二聚体测序数据的灵活工作流，以检测人类或酵母基因组中紫外线诱导的DNA损伤。

Dekkers等人为人类正常和乳腺癌类器官的长期培养、基因操作和异种移植提供了一个工具箱。